Estimation of rearrangement phylogeny for cancer genomesのFigure1では、癌細胞ゲノムに起きる、点突然変異とコピーナンバー変化、逆位などの生成と、諸変化が起きた後に観察できる状態の記載法と、観察から諸変化を逆問題的(こちら)に解くためのグラフ理…

総説 「１細胞ゲノム解析」の手法の特徴を決める尺度 細胞をより分ける方法 処理細胞の数 解析対象となる遺伝子の数 検出に用いる技術 対象となる細胞・組織・条件 色々な手法 FISH(mRNA fluorescent in situ hybridization) 処理細胞数:100 遺伝子数:3-4 技…

Heavily cited review articles in Annals Reviews of Genetics TOWARD MAINTAINING THE GENOME: DNA Damage and Replication Checkpoints DNA MISMATCH REPAIR AND GENETIC INSTABILITY

こちらでランダムグラフの話をした IBC2012のContributed セッションで、PCRプロセスを確率的分岐木成長でモデル化してPCRの数学的取扱いをしていた(The allele Distribution in Nxt-Generation Sequencing Data Sets is Accurately Described as the Result…

選択の科学作者: シーナ・アイエンガー,櫻井 祐子出版社/メーカー: 文藝春秋発売日: 2010/11/12メディア: 単行本購入: 27人 クリック: 666回この商品を含むブログ (99件) を見る 主な内容 1 選択したいという欲求、選択肢が多い方を選ぶ 2 個人の選択、集団…

明日から神戸でIBC2012が始まります。(こちら) 仲間内からは、多次元分割表の代数統計的取扱いとDNA鑑定に線形代数とその統計量の近似計算法とがテーマとして発表される予定です 特にチャレンジングなのは弱冠二十歳でのオーラルプレゼンテーション(多次元分…

LD block を縦に描いた図があった。ちょっと面白い(Molecular Psychiatry (2005) 10, 616. doi:10.1038/sj.mp.4001699) (http://www.nature.com/mp/journal/v10/n7/full/4001699a.html より)

ハプロイド・ディプロイド あるマーカーのアレル数がkのとき、アレル頻度に関する情報はk個の値で(も)与えられる。ただし、総和が１という制約があるので、自由度はk-1 この自由度k-1の情報を幾何的にどう配置するか、はいくつかやり方がある 例えば、アレル…

Amazon web serviceにbioconductorがクラウドサービスを置いている(こちら)

ウンチクと、１−４章でふれられなかった大事な事柄 複雑系ネットワーク スケールフリーとか ランダムグラフとか スモールワールドのこととか Small intelligenceとか

生体内シグナル伝達にはいろいろ 非線形システム 固定点現象 頑健性 誤り訂正

精密機械としての生命体とその設計原理に関すること 特徴 分子を基本としてその物理化学的特性を用いる 分子の論理が使われている 生物分子の望ましい特徴（自己集合・自己組織化）が表現できる 基本要素をどうするか デザインの要件・仕様設定 リソース総量…

分子通信では、電気信号・光信号ではなく、生体分子に情報を担わせて通信する 担わせた分子の受け取り側では生化学反応がおきて、それを復号情報として取り出す 速度や伝達可能な情報には制約がある 生体分子通信によってしか伝達できない(しにくい)情報もあ…

至近要因(proximate factor)と究極要因(ultimate factor) 階層に分けて考える 脳による情報処理 脳機能のネットワーク 人工神経回路網(Artificial Neural Network) 教師アリ ローゼンブラット・パーセプトロン、多層パーセプトロン Radial-Basis Function サ…

生命と情報通信―情報通信技術に生命機能を吹き込む作者: 澤井秀文出版社/メーカー: オーム社発売日: 2009/11/01メディア: 単行本 クリック: 10回この商品を含むブログを見る 1 生命から情報通信(ICT)を捉えなおす 2 分子通信技術の研究動向〜バイオICT 3 人…

HWE/HWDはメイティングの乱雑さを時間積分した結果 ゲノムワイドに多量の多型があって、HWE/HWDに関する情報を提供している いずれも確率過程なので、多くの多型の情報をかき集めると、確率過程の特性が読めるはず 確率過程では、個々の位置とか状態を問題に…

昨日の続き ランダムに進む前に、確たるグラフで家系関係を。 単純に考える 近親婚がないときは完全な二分岐木。個人からさかのぼる形のグラフでの、世代別人数は、1,2,4,8,... 必ず同胞婚をすることになると、個人からさかのぼる形のグラフでの、世代別人数…

昨日の続き 昨日は、個体に空間を移動させて、そのうえで、空間的に近い個体間でメイティングを生じさせた。また、世代を隔絶した 今日は、メイティングのルールとして、近親関係と世代とを併せて使うことを考える 近親婚の禁止は世界的に認められるルールで…

こちらで、ランダムグラフを勉強している Y染色体の伝搬をランダムグラフで扱ったり、巨大な連結グラフに確率過程を持ち込むことで、数学的に扱って、グラフの特徴を定性的・定量的に求める考え方が書かれている 染色体の伝搬をY染色体のように単純に考えず…

こんなニュースがありました。 『欧米ポップス、似た曲ばかり スペインで４６万曲分析』(こちら ) 元論文はこちらです。 解析手法はサプルにあるようです(こちら) 手法をよく見ていませんが、とにかく、色々やってみた、という感じなので、使える手法が(たく…

ノード数１からノードを一つずつ増やしつつ、ある確率で辺を増やしていく 加えたノードは必ずしも連結しない 連結成分の大きさの変化とその融合の具合を追いかける n.step <- 100 m0 <- 1 g0 <- graph.empty(n=m0,directed=FALSE) g.series <- list() g.seri…

グラフ上のランダムウォーク 所要時間 出会いの時間 ガリガリに痩せた集合と、太った集合

Watts-Strogatzモデル 初期状態として、全ノードが同じ次数の対称なグラフを設定し、そこから、辺の片方の端点を指定の確率でつなぎかえるモデル つなぎかえ確率が0ならば格子 つなぎかえ確率が1ならば「ランダム」なグラフだが、このランダムなグラフはErdo…

ベキ則のグラフをランダムに作成するBarabasi-Albertモデル # barabasi-albert library(igraph) # ノードの付け加え回数 n.step <- 1000 # 初期ノード数 m0 <- 5 # ノードを付け加えるときの辺の数 m <- sample(1:m0,1) print(m) # 初期グラフはエッジなし g…

次数分布 Erdos-Renyi ランダムグラフの次数分布はポアッソン分布 それをRで試してみる library(igraph) Nv <- 10000 E.m <- matrix(0,Nv,Nv) lambda <- runif(1)*3 p <- lambda/Nv E.m[which(upper.tri(E.m))] <- sample(c(0,1),length(which(upper.tri(E.m…

Erdos-Renyi ランダムグラフを作ってみる ランダムグラフはエッジがあるかないかを確率的に決めることでできる その確率を増やしていくと、急に、大きな連結成分ができる Erdos-Renyiランダムグラフとはどんなものか、を知るにはべたべたとソースを書いてみ…

この本は： この本はランダムグラフに関する話題を数学としての確率論からの解説を与え、発見的考察(heuristics)やシミュレーションによる結果に証明を与えたり、それをさらに発展させたりする 関連する数学分野 ランダムウォーク 大偏差原理(Large deviatio…

ランダム グラフ ダイナミクス―確率論からみた複雑ネットワーク作者: リック・デュレット,竹居正登,井手勇介,今野紀雄出版社/メーカー: 産業図書発売日: 2011/12/08メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 1人 クリック: 7回この商品を含むブログ (1件) を見…