Downsamplingはそれなりに数のある標本から、標本数を減らしてリサンプリングする作業のこと RNAseqのデータにおいて、複数の細胞からの１細胞RNAseqのデータを相互比較したりするときに、ダウンサンプリングした方がよい、という話が、こちらの論文にあった…

このレビューをおさらい(いまいちなレビューだった…) イントロ 動的な系の解析。現在の実験技術に照らせばトランスクリプトーム、マイクロアレイ・RNAseqが一番対象となりやすい 実験系とそのデータ解析 そもそも時系列実験をするのはなんのため？ 一過性の…

オミックス分類での集積 次世代シークエンサーのSRA(Sequence Read Archive) ゲノムもエピゲノムもRNAseqもこれに入る トランスクリプトームであって次世代シークエンサーでないデータ型はGEOとArrayExpressとDDBJ Omics Archive 別の切り口・使ったサンプル…

論文を紹介していただく機会があった。こちらの論文。 RNA配列上に遺伝子多型があって、そのアレル別の発現量比推定をしたい、というときに、RNA-seqのデータをレファレンスゲノムにマッピングする過程をはさむと、ゲノムレファレンスアレルを持つ配列がうま…

Decision Tool for Women with BRCA Mutations(こちら)の仕組みを確認したい こちらの論文 遺伝因子 BRCA1,BRCA2 乳癌リスク、卵巣癌リスクをもたらす、比較的まれな変異 乳癌発病前にできること 早期発見のためのスクリーニング法 マンモグラフィー MRI 発…

昨日の記事で、BRACAPROとかその姉妹版がどんなものかを理解するためのイントロを書いた 今日の記事はその清書 Rmarkdownでepub可能な形にしました この本の姉妹編(分離比解析)はこちら 詳しくは以下の通り Rmdファイルです。html化、epub化できます(やり方…

昨日の記事で、BRACAPROとかその姉妹版の話を書いた その背景には家系データを扱うという、「マイ・ブーム」がある(こちら) 以前、法医学関係でベイジアンネットワークについて書いたので、復習を兼ねて、少数ローカスがリスクを運び、それによって発病年齢…

BRCAPROは乳癌・卵巣癌の遺伝的リスクを計算するアプリケーション(こちら) その他疾患拡張として大腸直腸癌・子宮内膜癌の遺伝的リスクを推定するアプリケーションがCRCAPRO(論文へのリンク) さらに膵癌がPancPRO 基本的には仕組みは同じなので、疾患や条件…

S.A.G.E.のsegregを使って分離比解析に初めて挑戦するための解説文書 講義90分で1-2回分相当 アプリケーションはこちら(S.A.G.E) 分離比解析ができる 分厚いマニュアルもあるが、たくさんのことができるので分離比解析に関する章となるとそれほど親切ではな…

実行条件パラメタデータ family ind father mother sex generation affection risk genetic_risk locus_risk_1 locus_risk_2 locus_risk_3 genotype_1 genotype_2 genotype_3 1 111 97 106 -1 9 1 1003 1003 1001 1 1 0/1 1/1 1/1 1 97 93 96 1 8 0 3 3 1 1 …

Density Ratio Estimation in Machine Learning作者: Masashi Sugiyama,Taiji Suzuki,Takafumi Kanamori出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2012/02/20メディア: ハードカバーこの商品を含むブログを見る ２つの分布推定をするより、分布の…

分離比解析に関連して家系データの作り方や家系図描図について書いた(昨日など そこで作った家系データをS.A.G.E.のsegregという分離比解析アプリにつなごうと思う 分離比解析のための基礎知識 分離比解析でやること 家系で0/1のフェノタイプ情報を集める(今…

分離比解析をやっている たくさんの家系データを作りたい 昨日の記事でグラフの成長ルールで家系を作る話を『なんちゃって家系図』として書いた 遺伝リスクやリスクアレルの伝達も含めて、少しきちんと作ってみる 設定 家系データの作り方 家系図を以下の要…

分離比解析をやっている たくさんの家系データを作りたい 結構面倒くさい グラフではなくて家系図的にすれば n.init <- 1 trio <- matrix(0,n.init,5) m <- length(trio[1,]) trio[1,1] <- 1 trio[1:n.init,4] <- sample(c(-1,1),n.init,replace=TRUE) trio[…

論文 どんな解析ができる？(こちら) データのクオリティを含む基本記述統計 アレル頻度とHardy-Weinberg 平衡検定 遺伝率の推定と家族内相関の計算 遺伝形式、浸透率を表す関数を、発症年齢による違いを含めて推定 血縁関係者におけるIBD推定 パラメトリック…

2014年度講義資料 FDRとマルチプルテスティング 90分で1-2回分相当 Rmdファイルです。html化、epub化できます(やり方はこちら) html化、epub化が面倒くさければ、kindleで1米ドルでも(こちら) マルチプルテスティングとFDR?オミックス統計学2014_4? 統計遺伝…

DNA鑑定情報とそれ以外の情報を突き合わせることを考える 突き合わせる情報が同じ方向を指しているときは、さして問題とならない 問題となるのは２つのエビデンスが仮説に合致しないとき その時点で２つのやり方がある 仮説の優劣を決める…どちらかのエビデ…

メモ

メモ

対数正規分布の場合。期待値がMean=1のとき、２つのパラメタの関係は Mean <- 1 x <- seq(from=0,to=5,length=100) s <- seq(from=0,to=2,length=11) s <- s[-1] m <- log(Mean)-s^2/2 X <- matrix(0,length(m),length(x)) R <- matrix(0,length(m),10000) f…

多くの量的臨床マーカーは、下限値を持つ。下限値を持たないものを挙げることが難しいくらい たくさんの標本で観察すると、正規分布に似ることが多いが、正規分布は下限値がない また、生命現象では、対数正規分布になりがちであることも経験的に(理論もある…