まずは章立てを検討する --- title: "法数学入門" author: "ryamada" date: "2017年6月4日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_chunk$set(echo = TRUE) library(rgl…

DNA鑑定のための区間推定作者: ryamada発売日: 2016/05/08メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る Rmd --- title: "区間推定_尤度比" output: html_document --- # 平均体重を推定する ## サンプルの平均値 「真実の分布」が平均50、標準偏差1…

スライドはこちら RFUシグナル強度と正規・対数正規・ポアソン対数正規・二項分布: ノイズとシグナル、ホモとヘテロ作者: ryamada発売日: 2015/05/07メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る スライドの図表作成のためのRmd。スライドはデータ…

昨日の記事や一昨日の記事に対数正規分布・ポアソン対数正規分布のことをメモした 常染色体上のSTRをPCR増幅をかませた実験によってピークシグナル型データを取得し、それに基づいてDNA型タイピングをするやり方がある そのデータについて、対数正規分布・ポ…

いくつかの論文をメモ。検索基準は"NGS","DNA identification","forensic" 子の親が一卵性双生児。どちらが父親？→Finding the needle in the haystack: Differentiating ‘‘identical’’ twins in paternity testing and forensics by ultra-deep next genera…

DNA鑑定情報とそれ以外の情報を突き合わせることを考える 突き合わせる情報が同じ方向を指しているときは、さして問題とならない 問題となるのは２つのエビデンスが仮説に合致しないとき その時点で２つのやり方がある 仮説の優劣を決める…どちらかのエビデ…

メモ

ごちゃごちゃ調べて以下、Rstudioで作ってみました これを"hoge.Rmd"として保存して、Rstudioで開いてknit HTMLボタンでhtml文書化して、その後pandocでepub化してみました。 こちらにも書いた通り、epubビューアによって、うまく表示できない場合も少なくな…

人骨がRichard IIIとDNA鑑定されたそうだ。脊柱の彎曲も傍証のようだが「子孫から採取したＤＮＡによる鑑定が決め手」と日本の新聞にはある(こちら)。 イギリスBBC(こちら)では"Turi King, leader of the DNA team, said she completed her work confirming …

DNA鑑定は法的な証拠として使われる 法的な証拠について、どんなことがどんな風に言われているのかをチェックしてみる Legal burden of proofというWiki記事がある 証拠やその信憑性・利用については、文化や歴史も絡み複雑怪奇・曖昧模糊・魑魅魍魎、的な印…

だいたいわかった(Wikiではわからない、ということが)ので、本を読むことにする これは、法・裁判関連を専門にする人のための、「簡易統計学入門」だった。 Statistics in Criminology and Criminal Justice: Analysis and Interpretation作者: Jeffery T. W…

こちらの勉強会(2013/01/12)で紹介されたプログラム LRmix likeLTD

STRbase(Short Tandem Repeat DNA Internet DataBase:STR関係データベース) Standard Reference Family Data:A Tool for Validating Kinship Analysis Software

明日から神戸でIBC2012が始まります。(こちら) 仲間内からは、多次元分割表の代数統計的取扱いとDNA鑑定に線形代数とその統計量の近似計算法とがテーマとして発表される予定です 特にチャレンジングなのは弱冠二十歳でのオーラルプレゼンテーション(多次元分…

こちらなどでDNA鑑定にまつわるバースデイ・パラドクスの記事に端を発した話題を書いている 個々の事象の生起確率が等しいときの計算がバースデイ・パラドクスの計算 個々の事象の生起確率が等しくないときに、条件「同じ誕生日のペアがいる・いない」という…

こちらでバースデイ・パラドクスのことを書いた 少し整理すると N日ある 誕生日は1/Nの確率でいずれかである k人いる k人の誕生日の選び方は通りある(重複順列) 個々の順列の生起確率は このうち、同じ誕生日がいないというのは、重複を許さない順列通りある…

バースデイ・パラドクスというのがある(こちら) 「遺伝情報・DNA鑑定と刑事法」という文章(こちら)で、DNA鑑定に引き写して、バースデイ・パラドクスについて触れられている この場合の確率計算は、「たまたま一致する確率が4.7兆分の１」だったり、実は、も…

法数学勉強会というものがある(こちら) こちらで勉強させていただきながら、統計遺伝学分野からのインプットをしているが、話題がたこ足状態になっているので、こちらで予定している総括を前に整理する 俯瞰図はこちら

こちらのDNA多型学会のネタの整理をする 思いつくままに雑多に 情報を使って、判断する枠組みは、意識的にせよ無意識的にせよ、事前確率と事後確率とその計算関数(これに個人差があるだろう)とを使っているとする ただし、事前確率＋情報→事後確率、のパター…

N人の人のうち、ある１人が「○」で残りのN-1人が「×」の場合 N人の人のうち、k人が「○」で残りのN-k人が「×」の場合、ただしk=0,1,...,N 問題設定を少し変えよう N人のうち、i人が「○」で残りのN-i人が「×」の場合でiは特定の値とし、そのiについての和とし…

こちらでDNA鑑定の話しをしている 一部の標本について情報が得られたという条件を与えて、条件付き確率を計算して、それを尤度に持ち込んでいる 「統計」らしく、分割表の枠組みで考えることにしよう ただし、多次元 多次元分割表の話しはこちら 雰囲気とし…

この記事の構成 目次はこちら 幅のある事前確率・事後確率

この記事の構成 目次はこちら ルールイン・ルールアウトとは何をしているのか ルールインとルールアウトは、それぞれ、「ある診断名に確定すること」、「ある診断名の可能性をゼロとみなすこと」である ルールアウトは、可能性のある診断名の数を減らす作業…

この記事の構成 概論(何をしたいのか):こちらの記事 鑑別診断・診断過程：こちらの記事 検査の感度・特異度・PPV・NPV：こちらの記事 ルールイン・ルールアウトとは何をしているのか：こちらの記事 幅のある事前確率・事後確率：こちらの記事

この記事の構成 目次はこちら このような大規模集計を行っていると、検査の感度・特異度・PPV・NPVなどはリアルタイムで更新して利用することが可能となる 検査の感度・特異度は、ある検査の結果を集めて、それについて、診断名ごとに陽性・陰性の２ｘ２表を…

この記事の構成 目次はこちら 鑑別診断・診断過程・診断支援システムの基礎的な動きについて考えてみる 非常に大きなデータソースがあって、「最終診断名」がある。その診断名に至るにあたって、ありとあらゆる情報取得(主訴、随伴症状、検査結果、他)がある…

この記事の構成 目次はこちら 概論 こちらは鑑別診断の話題 それに関連してこうとかこうとか書いた これは、事前確率から情報を利用して事後確率を得るプロセスのこと こちらは、DNA多型マーカーを用いた個人識別の話 こちらでは行方不明者に関する情報を用…

マーカー数 第iマーカーのアレル数 各マーカーのアレル頻度 各マーカーのディプロタイプ数 各マーカーのディプロタイプ頻度 HWEを仮定すれば、はから導ける あるマーカーでディプロタイプが一致する確率は、 すべてのマーカーでディプロタイプが一致する確率…

捜し物記事(こちら)の続き また、この捜し物はN人の行方不明者、M人の身元不明者の特定問題(こちら)の続きでもある アルゴリズムを考える前に、問題を整理しよう 全人類の歴史全体を考える すべての個人はAncestral Recombination Graph(ARG)のノードとなっ…

依存パッケージ # packages # 依存パッケージ library(kinship) # 家系図を描く library(MCMCpack) # １倍体場合分けのみなら不要かも library(gtools) # 場合分け １倍体場合分けのみなら不要かも library(sets) # 集合 library(paramlink) # 連鎖解析 核家…