参考→こちらのPPTはよい Burrows-Wheeler変換の特徴をそのPPTから抜粋 可逆変換 圧縮しやすい(同じ文字が並びやすいから) 元の文書なしで全文検索が可能 部分文字列・部分一致文字列探索に向いている→次世代シークエンサーのマッピングに応用 接尾辞木の節点…

> x <- c(9,9:1) > y <- c(1,1,3:1,1:4,3) > z <-c(2,1:9) > mat<-matrix(c(x,y,z),nrow=length(x)) > mat [,1] [,2] [,3] [1,] 9 1 2 [2,] 9 1 1 [3,] 8 3 2 [4,] 7 2 3 [5,] 6 1 4 [6,] 5 1 5 [7,] 4 2 6 [8,] 3 3 7 [9,] 2 4 8 [10,] 1 3 9 > ordmat<-mat…

ソートで頑張っても、のオーダーであることは自明。少々の重い計算でも、ソートするくらいなら、逐一計算したほうがまし。ソートをせざるを得ないデータの出し方をせずに、工夫するのが、結局速い、か・・・。

Javaで紹介されていたソースをなぞる形でパールで書いてみた。まったく同じものを作るのもつまらないので、複数列のデータを、特定の列の値でソートすることとした。 また、double型データでの版も作ってみた(あくまでもオリジナルのサイトが本物で、それのi…