列挙してみる 遺伝生殖関係 メンデル メンデルの遺伝の法則 集団遺伝学 木村資生 進化解析 系統樹 連鎖不平衡 遺伝的多様性 家系解析 連鎖解析 ゲノム特化事項 オミックス マルチオミックス 時空間離散化(個人・細胞) 量的生物学 統計関係 フィッシャー 離散…
rdrr.io # SASというアプリの”analysis of variance according to the general linear model (PROC-GLM)"を実行してくれるパッケージ # Rのパッケージ"sasLM"をインストールする install.packages("sasLM") # パッケージsasLMを使えるようにRの実行環境に読…
資料 www.nature.com www.nature.com diagnosticpathology.biomedcentral.com https://digitalpathologyassociation.org/_data/cms_files/files/PathologyAI_ReferencGuide.pdf Use of advanced artificial intelligence in forensic medicine A narrative r…
いくつかの資料 ぱらぱらめくる『非可換確率論における独立性と無限分解可能分布』 自由確率論・量子確率論・確率変数の量子分解 ぱらぱらめくる『量子統計力学の数理』 多元環は、ベクトルとか行列とか そこに*-演算を入れる。複素数でうまく行く演算 多元…
PDF:An Introductory Course on Non-commutative Information Geometry・・・めくるには体力がまだ不足しているので、『めくる前』の整理をすることにする ぱらぱらめくる前に。動機 数の概念の拡張として作用を考える(演算子・作用素というパラダイム) 数の…
# 値の台 xx <- seq(from=-5,to=20,length=1000) # 適当な(密度関数) dd <- dnorm(xx) + dnorm(xx,1,2) + dnorm(xx,10,2) # 確率密度関数っぽい形 plot(xx,dd) # library(mcmc) # 確率密度に比例したあたいの対数を返す関数を書く h <- function(x){ log(dno…
まえがき 第1章 隠れた変数の理論と量子力学 第2章 二準位系の量子力学 第3章 多準位系の量子力学 第4章 合成系の量子状態 第5章 物理量の相関と量子もつれ 第6章 量子操作および時間発展 第7章 量子測定 第8章 一次元空間の粒子の量子力学 第9章 …
Projective geometry, toric algebra and tropical computations 代数幾何は連立多項式の零点集合を扱う、求解の話 トーリック幾何・多様体は代数多様体の特別な部分クラスであって、離散データや凸多面体と関係が深い トロピカル幾何は埋め込まれた多様体の…
www.nature.com arxiv.org 具体的な課題として、素数p,qの積がMになるかどうかの判定問題を扱っている 自然数p,qを二進法で表すことで、{0,1}の二値制約のある変数のセットによって、満足すべき式を書き下している その変数セットをとすると、それらに対して…
https://arxiv.org/pdf/1903.08270.pdf pythonのsympyを使うとグレブナー基底が計算できる sagemath on pythonでもできる from sympy import * x,y,z = symbols('x y z') eqs =[x**2 + y**2 + z**2 - 4, x**2 + 2 * y**2 - 5, x*z-1] result = groebner(eqs,…
文献メモ Dimension of Marginals of Kronecker Product Models Geometry of hidden-visible products of exponential families arxiv.org TROPICAL VARIETIES FOR EXPONENTIAL SUMS https://www.math.tamu.edu/~rojas/c.pdf Exponential Varieties https://…
http://www.math.sci.hokudai.ac.jp/sympo/100809/pdf/osugi.pdf トーリックイデアルが興味深い対象として挙げられる理由3つ 凸多面体の三角形分割が、トーリックイデアルのイニシャルイデアルと対応する(三角形分割には団代数が付随し、そこにはローラン多…
bookstore.ams.org 目次を眺めるとかなりのことがわかる Chapter 1 Introduction (Discrete Markov Chain) 大事なのは、次の対応を理解すること 確率・統計 代数・幾何 確率分布 点 統計モデル (Semi)Algebraic set 離散指数型分布族 トーリック多様体 Condi…
arxiv.org このペイパーでは Algebraic が:algebras, geometry, combinatorics を指し、それらを使う統計手法を扱う Networksは:3つの例を扱う。Relational models, Causal structure discovery, Phylogenetics Applications として:Statistical achieve…
http://www.math.is.tohoku.ac.jp/~obata/research/file/1996-Nagoya-Forum.pdf 測度論的確率論は 量子論的確率論はC*-確率空間で、Aが可換環なら古典論、Aが非可換環なら量子論 確率分布はモーメント列で(だいたい)決まる 量子確率論ではグラフを考える。グ…
arxiv.org このペイパーでは、平面有向グラフ(ネットワーク)をPositive Grassmannian上の1点に対応付ける話をしている 平面有向グラフをPlabic graphと呼ばれる(無向で頂点が2タイプのグラフを円板内に配置したもの)に対応付けたり、さらに、Grassmannian …
arxiv.org この論文では、ニューラルネットワークでのactivation function をReLUに絞っても、まあ大丈夫、との判断の下、ReLUに絞った上で、ニューラルネットワークの入力から出力への変換がトロピカル幾何・トロピカル・有理関数で表現されることを説明し…
Overleaf qiita.comは、オンライン上でLaTex文書を作るサイト テンプレートもたくさんあるので便利 LaTexなので引用文献も \cite{Yamada2020} と文中に書き込んでおいて、引用文献を書きたい場所に %This is where your bibliography is generated. Make sur…
点集合の座標が行列Xとして与えられているとき、そのペアワイズ内積行列は対称行列であり、それを固有値分解し 回転行列Vと非負固有値を対角成分とする対角行列とを使って と分解できる これは、点をVで回転して となるようななる、新しい座標を点に与え、そ…
統計学を哲学する [ 大塚 淳 ]価格: 3520 円楽天で詳細を見る データを取って、手法を適用して、その結果を使う(検定する、推定する、予測する、論文に根拠として書く)とき、統計学・データサイエンスは、何をしてくれているのだろうか、と言うことを、い…
scikit-learn.org Click the [https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/blob/42aff4e2e/sklearn/tree/_classes.py#L607:title=\[source\]] and check that the information in the website is provided in the source. ソースコードを見てみよう The s…
Visit this site for the original codes. Start your jupyter notebook ジュピターノートブックを開始する (1) Start your "Anaconda navigator" then select jupyter notebook. アナコンダ・ナビゲータを立ち上げて、そのメニューからジュピターノートブッ…
Library > Package > Module Different terms... but, simply speaking, something you can get and use for your study. 名前が色々あるけれど、簡単に言えば、「取ってきて使うもの」 PyPI : Py-thon P-ackage I-ndex pypi.org python's libraries and pac…
Let's use Anaconda。Anacondaを使う www.anaconda.com Why? どうして? (1) It provides basic libraries/packages for data science (numpy, scipy, pandas). データサイエンス用の基本ライブラリ・パッケージが入っているから (numpy, scipy, pandas) num…
Rの行列で、各行の和を出そうと思ったら M <- matrix(rnorm(100),10,10) apply(M,1,sum) だろう 同じことをPythonでやるのはどうするのかな、と思った Pythonで行列を扱うならnumpyがよいのでそうすることにしたとして 値のセットの和を出すsum()関数を、軸…
Rもpythonもjupyter notebookで文書作成できる 3次元プロットをしなくてよいのなら、Rでは普通の二次元プロッティング関数を使えばよいし、Pythonではmatplotlibを使えばよい 3次元プロットを描いてぐりぐり動かすとなると、Rではplot3dを使い、pythonでは…
1細胞データに付加価値(採取場所情報、細胞間関係情報、細胞集合としての分布取得、など)を付ける話が目立つようです。 12月号 Genotype–Tissue Expression (GTEx) 最新の成果についてのコメント。GTExのポータルで検索可能 "The data set of 838 donors an…
(非負)整数列(ポアソン乱数、負の二項分布乱数など)が生成されたとする。一見、出現する値はバラバラに見えるが、本当にバラバラなのかについて考えたい これは疑似乱数列のランダム性の評価として、様々な方法が提唱されている(たとえばこちら)問題だが、一…
STRINGと言うタンパク-タンパクネットワークデータベース・ツールがある(こちら) タンパク-タンパク間に数値が出てくるのだが、その数値がどう言う由来なのかがわかりにくい こちらのはてなブログの記事 kazumaxneo.hatenablog.com に「STRINGのインタラクシ…