PCクラスタ
パーミューテーションテストでモンテカルロを使うとすると、並列プロセスで用いる擬似乱数列も相互にランダムであることが必要である。シードから開始する擬似乱数列を用いる場合には、採取する擬似乱数を、プロセス数おきに採取させることによって、全プロ…
管理ファイルの存在・非存在ループ 第１プロセスは管理ファイルを作成する。このファイルは、オリジナル検定セットが終了してから作成する。このファイルが非存在の間は、空ループを回し、k-1プロセスは先へ進まない String dir="hogedir"; String regulatio…
参考にしたのは、こちらの記事 javaの１プロセスの中に複数のスレッドを立てたりして制御するには、こんな処理ももちろんあるわけだけれども、今は、複数のノードでの制御なので、Javaの外に制御用存在を置く 想定実行条件 （１）今、kxN回のパーミュテーシ…
パーミュテーションテスト 処理構成 オリジナル検定セットの実行 パーミュテーション試行による検定セットの実行 パーミュテーション試行による検定セットの結果とオリジナル検定セットのそれとを比較して、集計 並列化 処理の単位は、検定セットの実行 検定…
大きな処理があるとする。ほぼ同一な処理の繰り返しであるとする。それぞれの繰り返し処理単位は小さな出力を持つ。それぞれの繰り返し処理は、並列して行われる処理と、自身の処理との出力を単純に照合することで、継続するか否かの判断ができるとする。こ…
PCクラスタについては、過去にもいくつか記事を書いた。こちらやこちら。 グラフは、複雑な関係にある事象を比較的単純に表す便法である。 グラフは簡単に言うと、ノードとエッジで表せる状態である。これにある色づけをするとすると、ノードに局所状態をエ…
PCクラスタはある。たくさんの処理がある。複数の処理の間で特にデータのやりとりは必要ない。とにかく、ばらばらとたくさん処理したい。クラスタの設定が甘くて、うまく動かせない。 シェルコマンドとパールなどで細かいところは書いて、クラスタ分配のあた…
MPIライブラリを用いたプログラムのコンパイルコマンド リンクはこちら hoge.c #include <stdio.h> #include <mpi.h>int main(int argc, char** argv) { int rank; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); printf("Hello, host%d!\n", rank); MPI_Fi</mpi.h></stdio.h>…
snowのクラスタ用関数を一通り使ってみよう(なぞるサイトはこちら(予定)) lamboot -vして、Rを立ち上げると、このあたりはうまく行った。 labboot -vしないでRを立ち上げ、MPIにspawnさせたら > scl <-makeCluster(10,"MPI") 要求されたパッケージ Rmpi をロ…
PCクラスタでLAMを起動して、R内から、複数のslavesにアクセスして、それぞれで乱数を用いた処理をする場合を考える。 ５個のslavesを発生させ、それぞれで、runif関数により、一様乱数を5つずつ発生させてみる > clusterApply(cl,c(5,5,5,5,5),runif) [[1]]…
まず、lamboot。15マシンをlambootする $ lamboot -v lamhostsLAM 7.1.2/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana Universityn-1<21042> ssi:boot:base:linear: booting n0 (localhost1) n-1<21042> ssi:boot:base:linear: booting n1 (localhost2) n-1<21042> ssi:boot:b…
起動、起動中ノードの確認、停止 "$ lamboot -v hostsfile", "$ lamnodes", "$ lamhalt"の３コマンド。以下、少し詳細。 このページを見ながら。 lamhostsファイルの作成。カレントディレクトリに２種類のテキストファイルを用意した "$ lamhosts2" localhos…
以前、駆け足で読むシリーズでPCクラスタの記事を書いた(こちら) 最近、PCクラスタの導入を前提として、復習を始めることを記事にした(こちら) 遺伝的浮動が熱力学的拡散方程式様の数式表現をされることも記事にした(こちら) 「駆け足シリーズ」のときには、…
まずはURL集め。 某氏紹介サイト５箇所なり。 PMV LAM MPI MPI・LAM MPI 以前の記事はこちらとこちら
以前、ＰＣクラスタに手を染めるための記事を書いた。ＲのWikiにＲでの並列処理のページも出てきた。ひとまずの目標は、小規模クラスタを組んで、Ｒの単体マシンのプログラムを並列処理させてみることとする。まずは、ハードの勉強かと。 この関係はryamada…
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