PDFはこちら 日本語資料 短くまとまっていて一瞬で読める ウェブサイトにありがちな、「(サイト内を)調べたけど、(そのサイトの)全体を眺めたかどうか確証が持てない」という不安がない「１文書完結型」

複合遺伝性(疾患) １ローカスによるメンデルの法則によって説明できず、複数の(通常は多数の)ローカスの影響によって決まる遺伝形質(疾患) 遺伝形質 量的形質 質的形質(疾病など) 多遺伝子性(Polygenic) 身長の遺伝子論文 Hundreds of variants clustered in…

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析作者: 樋口千洋出版社/メーカー: オーム社発売日: 2009/02メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 35回この商品を含むブログ (12件) を見る オミックス関連のオープンソースを広く紹介するととも…

第II部 基礎を超えて 基礎を超えてしまっているので、駆け足ではちょっと無理。ぱらぱらめくって構成を知ることにします 第７章 有限Fourier解析 1のb乗根とその周期性を利用する() これを利用して関数を展開した表現がFourier級数 のこぎり関数とDedekind和…

魔方陣と半魔方陣 魔方陣はが縦・横・対角線の和が同じになるようににならべられたもの 半魔方陣は非負整数成分を並べて、行・列の和が等しいもの 半魔方陣の制約は多面体とその格子点に対応させることができて、その場合の数は、多項式で表せる Birkhoff-vo…

多面体pのk次元面の数 Eulerの関係式

有理凸多面体について、が成り立つ 内部格子点の数え上げは「閉包」の格子点の数え上げと同等

任意の凸多面体は新たな頂点を加えずに三角形分割できる 三角形分割とは、共通面のみで接する(重なる)ようなd-単体(これが三角形のようなもの)の集合に分けること。２次元での三角形分割の多次元一般化。 尖状錐(pointed cone) 尖状錐とは、ある点とそこから…

凸多面体 頂点記述(頂点座標を与える記述) 頂点を与えれば、,,として与えられる凸多面体 超平面記述(囲んでいる超平面を与える記述) ,,として与えるのは、超平面記述の1つ 超平面はとして与えられる。の場合はを法線ベクトルとする(に垂直な)面になる d-多面…

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以前にも、自動インストールを紹介したことがある。 今回は、「ジャーナル投稿規定」→「LaTeXはLaTeX2eで、の指定」→「バージョン確認などが面倒なので、推奨されるままに、別途WindowsXPに導入することに」→「紹介リンク先」→「手っ取り早く入れたい人用の…

アドビのイラストレータはよいアプリケーションだが、機能が多すぎて、やりたいことに行き着きにくい(よくないアプリケーションということになるか)・・・こんなサイト。イラストレータにTex数式を入れるには、こんなアプリも(TeX2img)

京大（医）ゲノム医学センター 疾患ゲノム疫学分野のツールが公開になってます。こちら

VGJもやはりよい。 VGJのサイトはこちら ダウンロードして、 1. コマンドプロンプトへ行って、 2. hogehoge\graph_drawing に入って、 3. java EDU.auburn.VGJ.VGJたとえば、Windowsで "C:\download\VGJ\graph_drawing"に置いてあるとすれば、以下のような２…

書式情報を入れてみる graph sample { N0 [color=red]; N1 [color=red]; N2 [color=red]; N3 [color=red]; N4 [color=red]; N5 [color=red]; N6 [color=red]; N7 [color=red]; N8 [color=red]; N9 [color=blue]; N10 [color=blue]; N11 [color=blue]; N12 [c…

ホームページはこちら Windowsで使うには、ダウンロードサイトから、Windows用の自己解凍形式のファイルを入手して、自己解凍に任すだけ。 デフォルトでは(WindowsXP)、"C:\Program Files\Graphviz2.20"にインストールされて、サンプルファイルが"C:\Program…

使用したフリーアプリについては、こちらをどうぞ。 ３次元グラフ様のスケルトンオブジェクトをアニメーションGIFで動かしてみる。 対象 スケルトンオブジェクトは、見えない部分のことなどを気にする必要がないので、面倒がない 点を直線で結んだものがスケ…

座標を指定して２次元の図を描く用途には、これまでSVGをよく使ってきた。 Ｒからの出力もGIFには対応していない。 アニメーションにするには(しかも前項で紹介したAnimation GIF Makerで)、SVGファイルやJPGファイルをGIF形式にする必要がある。 もちろんイ…

オイラー角について調べものをしたとき、WikiPediaのサイトにアニメーションがあり、ふと、こんな動画を簡単に作れたら、作ってメモ掲載できたら、と思った。アニメーションGIFだった。 アニメーションGIFは簡単らしいので、ちょっと試してみた。ウェブ上で…

新学期に向けて、大学生協書籍部の陳列状態が、「新しいもの」への入り口である『教科書』中心になって、少しまぶしい。そんな中、こんなのがあった。CD-ROM付きで簡単・便利! 理系のためのフリーソフト (KS理工学専門書)作者: 講談社サイエンティフィク出版…

サイトはこちらHigh risk allele frequency (A) : (0 - 1) リスクアレル頻度 Prevalence : (0.0001 - 0.9999) 疾患の集団中有病率 Genotype relative risk Aa : ( >1 ) ヘテロのＲＲ Genotype relative risk AA : ( >1 ) ホモのＲＲ(>1とありますが、１を入…

リンク

Eigenstratというアプリケーションがある。Principal Component AnalysisベースのゲノムワイドSNP関連解析ツールである。 さて、このアプリケーションでは、PCAによって個人を集団構造特性の中の位置として表すが、その結果、過度に外れた位置にあるサンプル…

n次元空間格子を余すことなく探索したい。 ヒルベルト曲線は、そんな感じのステップである。 Wikipediのヒルベルト曲線のページには、描図が紹介されている。 そこで使われているアプリは tuga turtle。 とてもかわいい。 空間充填曲線とフラクタルはこちら…

Am.J.Hum.Genet 81 1158-1168(2007) by KN Conneely and M Boehnke So Many Correlated Tests, So Little Time! Rapid Adjustment of P Vaoues for Multiple Correlated Tests. こちらサマリー GWAにおいては、複数テスト間の相互関係はいろいろである。マー…

Venderbiltのパワー計算アプリ for Win

新聞の広告欄に、はじめての数式処理ソフト CD-ROM付 (ブル-バックス) はじめての数式処理ソフト CD-ROM付 (ブル-バックス) 作者: 竹内薫 出版社/メーカー: 講談社 発売日: 2007/07/20 メディア: 新書 なる本が出ていた。フリーの数式処理ソフトMaximaのCD-R…

Texで文書を作り始めて、数式表記の苦闘から解放されたと喜んだのもつかの間、今度は、TeX形式で受け付けてくれないもろもろの相手にどうやって渡すか、という問題で苦労する。このはてなダイアリーは、ブログにおけるてふ表現の苦労からの解放であったわけ…

カタログ 引用文献はこちら Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide. Laurent Excoffier and Gerald Heckel Nature Reviews Genetics 7, 745-758 (October 2006) Nature reviews genetics本文へのアクセスがあるなら次…

Population geneticsに関する諸ツールのデパートがArlequin(サイトはこちら、記事はこちら)とするなら、plink...(サイトはこちら、記事はここ)は(ホールゲノム)アソシエーション解析の諸ツールのデパート。 概要 実行内容は多彩であり、一筋で説明しにくいと…