GWASでほとんど成果の上がっていない病的過程について考える その病的過程はエンティティとしての疾患の一部という意味で「サブ・最終フェノタイプ」 その「サブ・最終フェノタイプ」は最終フェノタイプとしての疾患ｘ複数に共有されている このようなサブ・…

こちらにAIXIの話 それに関するディスカッションがこちら 京大ジュニアキャンパスで？医学部４回生の講義で？ 「自分が他人とインターラクティブに勝負をしているとき」を実験的にやってみる そこからスタートしてモデルを考える、とはどういうことか、とか …

プレゼンスライド(こちら) Global analysis of genome, transcriptome and proteome reveals the response to aneuploidy in human cells 特殊な条件(aneuploidyなセルライン)にて３オミックス層の実験データを突き合わせてみる 用語 Aneuploidy 実験 Genomi…

統計学やデータ解析ではモデルを単純にしよう、という大前提を使う。「オッカムの剃刀」。これは、モデルの過適合を避けよう、という意図に通じている 統計学・データ解析によらず、原則、「オッカムの剃刀」で行こうよ、という立場は強く、それが「物理の法…

昨日は「責任」がキーワードだった ブログだから、「責任」よりは「ドラえもんのポケット」の方がよいかもしれない 『ドラえもんのポケット』： "...キジマさんが心を動かされた瞬間がわかるのです。「あ、いいな」と思ったものを、その瞬間にコレクションし…

こちらで「専門家」について書いている 書いたもののうち、その書きものの中で合理的に納得いかせられないけれども、その書きものを読んで納得する必要のあるものはreferenceを引いておくこと、というルールでreferenceは引いてある。 なので、referenceと言…

特定の要因がなくても発生する事象があって、ある要因があるとその事象が引き起こされるような印象がある。その印象はどんなときにどのくらいもたらされる？ 印象を強める要素は何だろう？ N<-20 # 単位期間にDという有害事象が起きる確率 pD<-0.1 D<-runif(…

貧血における赤血球の大小不同や悪性細胞の大小不同の定量の瞬発力 癌の細胞診(参考) # 一視野あたりの細胞数 n.cell <- 10 # 半径の平均はすべてのスライドでそろえよう r.mean <- 1 # 結構ばらばらな２ｘ２分割表を作る library(MCMCpack) library(shape) …

my.2x2.dev <- function(p,q,r){ #tmp <- r*sqrt(p*q*(1-p)*(1-q)) x <- c(p*q,p*(1-q),(1-p)*q,(1-p)*(1-q)) tmp <- r*min(x) matrix(x+c(tmp,-tmp,-tmp,tmp),byrow=TRUE,2,2) } my.2x2x2.dev <- function(p,q,r){ tmp <- r*sqrt(prod(p)*prod(q)*r) tmp1 <…

グリコを赤・黒の２人でやっている 赤が後だししているかもしれない ただし、赤は後だしをするゲームとしないゲームを分けている しかも、赤はいつも後だしをするわけではなく、何度かに１度だけ後だしをしているらしい 10回、グリコを繰り返して記録をつけ…

n <- list() x <- list() k <- 3 library(MCMCpack) for(i in 1:k){ n[[i]] <- rdirichlet(1,rep(0.1,3))*1000 x[[i]] <- runif(n[[i]][1]) x[[i]] <- c(x[[i]],rnorm(n[[i]][2],0.5)) x[[i]] <- c(x[[i]],rexp(n[[i]][3])) } par(mfcol=c(2,k)) s <- sample…

2x2分割表のクイズ 実行すると、２ｘ２表に対応する棒グラフがいくつか並べて提示される 図を先送りすると、そのフィッシャーの正確確率検定ｐ値が表示され、最小ｐ値の棒グラフがハイライトされることで、答え合わせができる Ｑ『次の３つの棒グラフに対応…

ikuro's homepageさん で確率分布・各論のシリーズ記事が出ています。 その１:確率分布関数の分類、左右対称の連続確率分布(正規分布) その２:左右対称の連続確率分布（続き）(コーシー分布、t分布、ロジスティック分布、ラプラス分布) その３:正にゆがんだ…

こちらの2013/01/18の記事で次世代シークエンサーを用いた発現量解析の話がある。量的指標としてRPKMについて言及している RPKM Reads Per Kirobase per Million mapped reads こちら 関連して。RPKMとAverage normalized abundanceとその比較 こちら 指標は…

こちらの2013/01/15の記事でSimRareを用いたシミュレーション・解析手法比較の実習をやっている SimRare(文献)ではどんなモデルを想定してバリエーションを生成しているのだろうか こちらがSimRareのサイト チュートリアルの"Generation of variant data(こ…

こちらの勉強会(2013/01/12)で紹介されたプログラム LRmix likeLTD

色覚には遺伝子が関係します Geneticsはこちらを プレゼンテーションの心得としてはこちらの中でも、「医学生物学者」向けのこちらを理解したいものです Rではパッケージ dichromat というのがあって install.packages("dichromat") library(dichromat) imag…

JMP genomicsソフトウェアのマニュアル記事が使いやすい こちらがマニュアル あえてリストを抜き出せば *Check Data Contents *Verify Gender of Samples *Subset and Reorder Genetic Data *Recode Genotypes *Recode Missing Genotypes *Flip Strand *SNP …

STRbase(Short Tandem Repeat DNA Internet DataBase:STR関係データベース) Standard Reference Family Data:A Tool for Validating Kinship Analysis Software

Wiki記事:パラメトリックとノン・パラメトリックの違いをパラメタ次元の有限性と無限性とで定義 Paper in Annals of Statistics:代数的定義 代数統計学では代数多様体とする

Gene-set enrichment analysisの一環としてこちらでコルモゴロフ=スミルノフ検定(KS検定)の話がちらっと出た KS検定は１標本と２標本の区別がある 観察された標本の元の分布が、ある特定の分布ではない、と考えた方がよいかを判断する(１標本のKS検定) もし…

こちらにもあるように。 ２標本が同一母集団から取られているとすると、それらを併せて順序をつけると、第１群、第２群としたときに1,2,2,1,1,1,1,1,2,2,1,2,2,みたいな1,2の数値列ができるけれど、この1,2がばらばらなのか、という検定をすることでも検定可…

累積分布の比較には特徴がある スタートは0でゴールは1。必ず そのため、二つの累積分布の差を見るとき、スタートが0でゴールも0になる 経験分布２つ(もしくは経験分布と理論分布との２つ)の差を取ると、「0で始まって0で終わる」 横軸は「0で始まって1で終…

前の記事では、正規分布と指数分布との混合の場合をやった x.norm(n) x.exp(n) の混成だった。ソートしてプロットすれば、完全になめらかとは言わないが、一峰性 そこで、二峰性にしてみよう x.norm(n,-10) x.exp(n) の混成に。図にすれば、こう いわゆる密…

まず、Rのks.test()関数の中身をぱくって、２標本の場合のks.test()統計量の算出のところだけを抜き出した関数を作っておこう my.ks.stat <- function(x,y,type=c("less","greater","two.sided")){ n.x <- length(x) n.y <- length(y) w <- c(x, y) z <- cum…

代数多様体っていうのはカオス理論で言うところのアトラクタ(参考)みたいなものらしい(こちら) アトラクタの上で決定論的な動きを考えれば、ベクトル場を想定すればよい アトラクタの上で確率的な動きを考えれば、基本的には１歩ずつの酔歩の合成で考えれば…

2x2表をSingular でやってみよう x+y=p1,z+w=p2,x+z=q1,y+w=q2とする(p1,p2,q1,q2が周辺度数) ring p = 0,(p1,p2,q1,q2),lp; ring x = 0,(x,y,z,w),lp; setring p; map f = x,p1*q1,p1*q2,p2*q1,p2*q2; ideal i0 = 0; setring x; preimage(p,f,i0); これは前…