並列処理

NQSでシンプルなコマンド列ファイルから実行する

NQSという並列ジョブ管理の仕組みがある。 ジョブを #!/bin/bash commandXのようなファイルを作り(command.shとか) # qsub command.sh(qsubコマンドのオプションは省いてある) のようにジョブを発行すると、"commandX"というコマンドのジョブを適当に割り振…

お試し並列処理〜細工〜擬似乱数列の管理

パーミューテーションテストでモンテカルロを使うとすると、並列プロセスで用いる擬似乱数列も相互にランダムであることが必要である。シードから開始する擬似乱数列を用いる場合には、採取する擬似乱数を、プロセス数おきに採取させることによって、全プロ…

お試し並列処理〜小細工〜システム一時ファイルでプロセスの進行制御

管理ファイルの存在・非存在ループ 第1プロセスは管理ファイルを作成する。このファイルは、オリジナル検定セットが終了してから作成する。このファイルが非存在の間は、空ループを回し、k-1プロセスは先へ進まない String dir="hogedir"; String regulatio…

お試し並列処理〜システム一時ファイルでプロセスの進行制御

参考にしたのは、こちらの記事 javaの1プロセスの中に複数のスレッドを立てたりして制御するには、こんな処理ももちろんあるわけだけれども、今は、複数のノードでの制御なので、Javaの外に制御用存在を置く 想定実行条件 (1)今、kxN回のパーミュテーシ…

お試し並列処理〜パーミュテーションテストで

パーミュテーションテスト 処理構成 オリジナル検定セットの実行 パーミュテーション試行による検定セットの実行 パーミュテーション試行による検定セットの結果とオリジナル検定セットのそれとを比較して、集計 並列化 処理の単位は、検定セットの実行 検定…

まずはURL集め。 某氏紹介サイト5箇所なり。 PMV LAM MPI MPI・LAM MPI 以前の記事はこちらとこちら