arxiv.org このペイパーでは Algebraic が：algebras, geometry, combinatorics を指し、それらを使う統計手法を扱う Networksは：３つの例を扱う。Relational models, Causal structure discovery, Phylogenetics Applications として：Statistical achieve…

二次元平面上に標本があり、それらの間に階層的クラスタリング構造が得られたとする 二次元平面上に標本を配置しつつ、その平面から立ち上がるようにデンドログラムを描きたいかもしれない library(FactoMineR) # Compute PCA with ncp = 3 res.pca <- PCA(U…

生き物の基本である親から子への伝達、過去から現在への伝達を、要素と要素間の関係の理論であるグラフで扱うことができる それをProject-based learning的に(こちら)やってみる試み(こちら)

こちらで扱っている遺伝的浮動はアレルの伝達関係に関して、その本数・比率に着目したものですが、アレルの伝達関係を経時的グラフにすると、コアレセントと呼ばれる方法で扱うことができます。アンセストラル・リコンビネーション・グラフとか(こちら) 分水…

カタラン数の規則をそのまま使って、組み換えなしの配列変遷を抽象的に捉える カタラン数の規則を(たぶん)若干改変・拡張して、組み換えありの配列変遷を抽象的に捉える PDFリンク 日記内リンク

表題の４つのキーワードで、何かツールがないか、と質問された。 久しぶりに系統樹について考えた。配列間距離の推定もベイズなのだ、と。。。 確率論を入れるとしたら、『樹の形』についての信頼区間(それを信頼区間と呼ぶかどうかは別として)を持たせた出…

フリーアプリケーションTreeViewをダウンロードしよう(URL) 樹の構造をテキスト表現する方法もいくつかあるが、 (B1:0, (((B3:0, B5:2.00000):0, B2:1.00000):0, B4:0.00000):1.00000); は、Newick書式(URL)と呼ばれ、樹を描くアプリケーションの複数で用い…

系統樹を描くための情報は ((hap1:1.5,hap3:1.5):1.5,(hap2:0.5,(hap0:2.33333333333333,hap4:0.666666666666667):1.5):0); のような書式に盛り込むことがある。これをNewick書式と言う。 この書式を読んで系統樹を描くアプリケーションはフリーのものもある…