paramlinkというパッケージがある Diallelicなマーカーでのパラメトリック連鎖解析のパッケージ 連鎖解析では家系から「核家族」を抜き出して、その核家族のジェノタイプの満足するべき条件によって、伝達のパターン数を減らす処理をする そのための関数が、…

罹患同胞対を用いた遺伝因子解析では、ノンパラメトリック連鎖解析手法が用いられます ノンパラメトリック連鎖解析とは、パラメトリック連鎖解析との対比での呼称です パラメトリック連鎖解析では、遺伝形式(優性・劣性など)や浸透率などを変数として与えた…

家系図を個人とその親子関係のグラフとする 辺の数は、伝達の数。これをとする 伝達に関して、それが、父由来か母由来かを表すとすると、長さnのベクトルで、値は0か1かで表せる の場合はこんな感じ(の行列 TreeVector<-function(n=4){ N<-2^n mat<-matrix(0…

２座位(M1,M2)間の組み換え割合をとする これは、この２座位間で組み換えが起きる確率がで、起きない確率がということ 最大値は、独立(染色体が違うとか)の場合で、0.5。 最小値は0。 この２座位の間に第３の座位Gを置く M1-G間とM2-G間の組み換え割合をとす…

パラメトリック連鎖解析では、染色体の家系内での受け渡しと組み換えとのパターンをすべて数え上げます。 そして、表現型の情報と遺伝子型の情報を利用して、どの染色体のどの位置に原因因子が存在しているという仮説がもっともらしいかを調べます。 そして…