先日(ずいぶん前)と昨日に、HWEの正確検定についての記事を書いた(こちらとこちら)。 ３ジェノタイプの観測数を入力すると、従来型のカイ自乗検定(自由度１)をExactテストの結果とを返すようなエクセル作成した。 このエクセルにより、３ジェノタイプ観測数…

先日(ずいぶん前)に、HWEの正確検定についての記事を書いた(こちら)。 そこに登場してくる式を別の方法で説明してみる。 ExactHWEPを算出するエクセルはこちらの記事で紹介。 変数の定義とくだんの式は以下のとおり N人、2N本染色体、アレル(A/B)、,,、,、と…

わけあって、J.E. Wigginton, G.R. AbecasisらによるHWE正確検定をJava化する必要が出た。このソースは、著者らにより、C/C++,R,Fortranにて公開されている。 N人、2N本染色体、アレル(A/B)、,,、,、と表すこととすると、 ,と表せる。 また、2N本のアレルの…