クラスタリング

デンドログラムを二次元平面の上に描く

二次元平面上に標本があり、それらの間に階層的クラスタリング構造が得られたとする 二次元平面上に標本を配置しつつ、その平面から立ち上がるようにデンドログラムを描きたいかもしれない library(FactoMineR) # Compute PCA with ncp = 3 res.pca <- PCA(U…

手作業でヒートマップ

昨日の続き 発現解析の結果をヒートマップ表示することがある Rではheatmap()関数がある heatmap()関数では、その内部で用いる距離定義関数(デフォルトはdist()関数)、階層的クラスタリング関数(デフォルトではhclust())を用いて、データ行列の行についてク…