LD

ちょっといろいろ調べてみる

こちらの講義に出席してみる RのGenetics関係のパッケージのページ(こちら) RでHWE library(HardyWeinberg) x <- c(100, 50, 10) HW.test <- HWChisq(x, verbose = TRUE) HW.lrtest <- HWLratio(x, verbose = TRUE) HW.exacttest <- HWExact(x, verbose = TR…

同じのとり方はいくつある?2

昨日、「同じのマーカーの取り方について書いた とは、マーカー間の関係を数値化したものであるので、それを角度ととらえて、幾何的に考えることにする 球と単体とは、「相互関係がそろっている点」を扱う仕組みであるのは、こちらの記事の通りなので、それ…

連鎖不平衡にあるマーカーのバリエーション

R LD

サンプルを集めたらアレル頻度0.5のSNPマーカーがいくつかあったとする 今、あるマーカーとのLD関係がで等しいようなマーカーを複数作ることを考える 2通りで作ろう 1つ目 次のように、すべてのマーカー同士の関係が均等 個のマーカーが作れる Nh<-40 step…

真の関連と間接的関連

LD

2SNPがある。アリル頻度が、とする。この2SNPのLD関係はで表されるとする。2SNPの作る4ハプロタイプの頻度は、 今、有病率P(3)の疾患があって、この疾患と第一のSNPのアリルとに関連があるとする。 もう片方のSNPは、疾患とは関係がな…