２SNP連鎖不平衡が１変数で取り扱えることは、こちら。 １変数なら、エクセルでも簡単に扱えるはずで、それを示したのはこちら。 普通のEMの結果との照合はこちらの、3-5-2-3-1-2 (Excel) 2 SNP Haplotype頻度推定、LD D' r^2 LOD算出とLD尤度比検定 (新 Ite…

先日(ずいぶん前)と昨日に、HWEの正確検定についての記事を書いた(こちらとこちら)。 ３ジェノタイプの観測数を入力すると、従来型のカイ自乗検定(自由度１)をExactテストの結果とを返すようなエクセル作成した。 このエクセルにより、３ジェノタイプ観測数…

先日(ずいぶん前)に、HWEの正確検定についての記事を書いた(こちら)。 そこに登場してくる式を別の方法で説明してみる。 ExactHWEPを算出するエクセルはこちらの記事で紹介。 変数の定義とくだんの式は以下のとおり N人、2N本染色体、アレル(A/B)、,,、,、と…

３月末から何日かに渡り、SNPの連鎖不平衡に関する記事を書いた。それのエッセンスは 連鎖不平衡は、染色体上に乗っていることによって存在する、アレル間の非独立性のことである。 SNPが複数あると、独立であるということは、非常に細かくあっちもこっちも…

教科書： 空間充填曲線とフラクタル 作者: H.ザーガン, H. Sagan, 鎌田清一郎 出版社/メーカー: シュプリンガー・フェアラーク東京 発売日: 1998/12 メディア: 単行本（ソフトカバー） 第１章 はじめに 第２章 ヒルベルトの空間充填曲線 第３章 ペアノの空間…

染色体本数がnであるとき、はハプロタイプ観測数の2x2分割表における、ピアソンの独立性検定統計量に一致するのだが、これについての引用文献が見つからずにいたが、こんなところにあった。 Nat Rev Genet. 2006 Oct;7(10):781-91.Click here to read Links …

SVGを用いて、解析結果のビジュアル表示を試みた。InternetExplorerや、Mac版のFireFoxでは開くのに、Windows版のFireFoxでは開かなくて難渋した。 こんな苦労を解決して、その解説記事を書いてくださっていた方に感謝(こちらがサイト)。 こちらのサイトのよ…