2014-01-01から1ヶ月間の記事一覧
メモリンク メモ２
n次元空間に点が散在しているとする この点にはスカラー値が観察されている このスカラー値は、n次元空間に面をなすスカラー値の分布の観察値である 観測点における、スカラー値の大小関係がわかっているものがあるときに、その大小関係制約を入れて、推定値…
記事の目次・リストはこちら New dimensions in immunology heterogeneity and randomnessとを捉えることが免疫系の理解 heterogeneity and randomnessを扱うための実験技術・データ解析技術の登場・進歩 個別細胞解析を許す諸技術(Deep seqence、然り) hete…
週末にセンター試験があり、二次試験への出願を考える季節です。2段階方式の総合点での合否判定を絵で描いてみます。 第１段階の情報が得られた時点での、事後確率の計算です。 少しずつ情報を仕入れて、それに基づいて、先を予測するのは、医療現場での頭の…
２群の値分布が正規分布に従い、その正規分布の分散が等しい場合。２群は黒群が少なめ 左上の図は、２群の確率密度分布。カーブ下面積は、群の比率になる 中上の図は、値ごとに２群の比率考慮の確率密度から、赤・黒それぞれの相対確率(相対尤度)を計算して…
集団構造化・民族差・ＨＷＥはゲノム疫学データの読み取りに必要になる知識だが、オッズ比の解釈等とはちょっと違って、論文を読む限り、査読の段階できちんとやっていてくれれば、読者はスルーしても(おおまかには)大丈夫 それとは違って大量に対立仮説＝真…
ひとまず、次世代データ、Deep sequencing データの資料はこんなもの 「こうすれば、よい」という段階ではないので、コンセプト説明が重くなり、また、いざというときの汎用性重視になった…結局、「入門」としては役に立てにくいのだが… まだ、1度も講義使用…
これは下書き！→こちらが本記事 次世代の扱いは、その確率的データハンドリングについての基礎をやる まずは、シークエンスしてバリアントを検出する流れをみる その後で、シークエンシングデータの「確率的」側面をやる それを扱うのに大きく２つの流れ 既…
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ChIP-SeqにはChIP-Seqのデータハンドリング・ＱＣのやり方があって、それをbioconductorのmosaicパッケージでやる話
ツール紹介 PeakSeq,MACS,FindPeaks,QuEST,CSAR ツールの実行は実行条件設定を伴い、結果が変わる 条件設定値をどうやって選ぶか、その最適化に関する話
基本的には、出てきたリードをマップし、そこからAlternative splicingのパターン検出と定量法・差の検定(ＦＤＲ）の１提案
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ステップ サンプル収集・選び(探しものが入っているはずのサンプル) Deep sequencing アラインメント バリアント・コール バリアント・アノテーション バリアントのクラス分け(機能予測) 対応遺伝子確認 意義づけ 公共サイト一覧(検出バリアントが載っている…
この章は、パス
Short readsのマッピングツールは色々ある 大別すると２つ ハッシュテーブルに落とし込む Burrows-Wheeler変換する どれを選んでも「あちらを立てればこちらが立たず」 ツールの入出力特性評価、計算速度・リソース、などの比較は論文化されたりしている が…
どうして難しいか ゲノム上に似た配列が山ほどある 読まれたリードにエラーがある カバレージが不均一 PCR増幅の影響 データ量が莫大 明るい側面 Paired-end(で情報量が多い)と楽 De novo assemblyのツール Edena,CABOG,De Bruijn graph,SOAPdenovo,MetaVelv…
場所によってたくさん読まれるところと少なく読まれるところがある 興味は大きく分けて二つ 読まれた部位に違い(多型とか)があるかもしれないときに、多型があるか、あるならアレルは何か、その割合の推定値はいくつか(ホモとヘテロだけであれば、ホモか、ヘ…
マッピングの基礎知識 マッピングでは読まれたリードの配列がreference配列のある部分の合致する部分を探して、その位置を決める 長ければ長いほど配列の特異性は高く、特異的にマッピングされる(ゲノム上に１箇所だけが合致箇所と想定される)、短ければその…
大量のシークエンスデータが出るので、保管するにも移動するにも配列の圧縮は必須 その圧縮ツールの一つを紹介 算術符号(Arithmetic coding)に基礎を置く手法GReEn(入手はこちら)にある圧縮手法の一覧から 算術符号という手法 "0110"という0/1でできた配列が…
Raw data handling ->"CASAVA(Illumina)" Quality control and read manipulations ->CASAVA,FastQC De-novo Assembly Assemble -> SOAPdenovo, ABySS, Velvet, ALL-PATHS, Resequencing Mapping -> BWA, Bowtie, TopHat Variant calling -> SAMtools, GATK,…
Deep Sequencing Data Analysis (Methods in Molecular Biology)作者: Noam Shomron出版社/メーカー: Humana Press発売日: 2013/07/30メディア: ハードカバーこの商品を含むブログを見る 統計っぽいところを中心に『ぱらぱらめくる』ことにしたい ６章までが…
N <- 100 x <- seq(from=0,to=1,length=N) x <- x[c(-1,-N)] y <- x X <- c(40,40) Y <- c(40,5000) beta.x <- dbeta(x,X[1]+1,X[2]+1,log=TRUE) beta.y <- dbeta(y,Y[1]+1,Y[2]+1,log=TRUE) #prev.data <- c(560,1000) prev.data <- X+Y p <- x beta.p <- d…
こちらの続き SNPのケースコントロール分割表のための配布資料 これで90分１回分か2回分と予想 以下はRmdフォーマット。knitrするとhtml化、epub化できます(もちろんフリー)→こちら) その手間を惜しむ人向けにKindleサイトを利用中(こちらにほどなく現れる予…
ある一定の確率で勝ち抜けをする状況は原子核崩壊と同じ様子であって、勝てずにいつまでも勝ち抜けできない人の数は指数関数的に減って行く たとえば、イベントでのじゃんけん大会で、壇上の人とジャンケンをして、勝ったら抜けて行く(たいていは、負けたら…
