Glossary

代数英語用語2

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代数英語用語

Algebra 1, Grade 9: Mcdougal Littell High School Math (McDougal Littell Algebra 1)作者: Holt Mcdougal出版社/メーカー: McDougal Littell/Houghton Mifflin発売日: 2006/01/05メディア: ハードカバー クリック: 7回この商品を含むブログ (2件) を見る …

幾何英語用語

Geometry, Grades 9-12: Mcdougal Littell High School Math (Holt McDougal Larson Geometry)作者: Holt Mcdougal出版社/メーカー: McDougal Littell/Houghton Mifflin発売日: 2006/01/05メディア: ハードカバー クリック: 6回この商品を含むブログ (2件) …

粒度 granularity

気になっている用語 関連サイト こちら こちらも こちらや こちらも

Family-wise error rate

前記事で、未満のP値を持つ検定試行が1回以上起きる確率はで表される。これは、いわゆるFamily-wise error rateと呼ばれるものである。この式の近似が意味するところがBonferroni補正である。の2次以上の項を省略したものになっている。 今、FWERがになるよ…

線形計画法の用語 3 線形計画法 駆け足で読む B.コルテ/J.フィーゲンの 組合せと最適化-理論とアルゴリズム

3.0 線形計画問題(Linear Programming;LP) においての制約のもとでを最大化せよ、という問題である 意味を書き下すと、m個の1次線形不等式を制約条件とし、その制約条件を満たす、n個の値のセット(ベクトル)の中で、によって定められるスカラー量を最大にす…

正準相関係数

同サンプルサイズの2次元行列型の複数のデータ(マイクロアレイデータ)を正準相関係数を使ってつないで、相互の関係についての統計量を引き出していた。 正準相関分析についてはこちらを参照。

多次元データ空間の統計力学的取り扱い International Genetic Epidemiology Society年会(IGES2006)

統計力学 statistical mechanics アンサンブル(確率集団) ensemble ミクロカノニカルアンサンブル microcanonical ensemble カノニカルアンサンブル canonical ensemble グランドカノニカルアンサンブル grand canonical ensemble

用語の整理、Grammatical evolutionとその周辺

日英の用語のどちらも、用いられている単語が少なく、それらを組み合わせて使っているのでわかりにくい。わかりにくいだけでなく相互にオーバーラップした定義になっていることも多いさらにわかりにくい。すっきり定義するとうそが入ることは承知の上で、自…

Grammatical evolutionを用いたGene x Gene interaction 推定@GAW15

進化的計算(Wikiはこちら)のひとつである、Grammatical evolutionを用いて、クロスバリデーションをしながら、膨大なG x G interactionsの中から、強い関係のそれを見つける手法が新規手法の紹介があった。MDRのDr. Lichieのラボから。 Grammatical evolutio…

n次元球の立体角〜確率密度

多変量が作る多次元空間において確率密度を考えるとき、データは多変量の非直交基底によって位置づけられる。多次元球の点の広がりは、球の立体角で捉えることが可能で、立体角は多次元空間中のベクトルの内積・外積(等)によって算出される。また、立体角は…

支配集合

グラフG=(V,E)がある。今、Vの部分集合Wを考える。Vの要素のすべてがWの要素であるか、もしくは、Wの要素のどれかひとつに隣接しているとき、WをGの支配集合と言う。 グラフGの頂点の数をnとする。n個の頂点の次数(接続する辺の数)の最小数(Gの最低次数)をp …

単体 Simplex

単体は、パスカルの3角形の先にあるような存在で、組み合わせについて考えるときの道具として有用。 Wikiのこちらのページや、こちらのページなど。

指数関数族、十分統計量

共役事前分布なるものが存在し、それによって、事前確率→事後確率→事前確率→事後確率→・・・というプロセスを単純に取り扱うことができることを示した。この事前確率・事後確率はベイズの考え方であるが、このベイズの考え方が、ベータ関数・ディリクレ関数…

多項分布、ディリクレ分布への拡張

多項分布は2項分布を一般化したものである。ディリクレ分布はベータ分布を一般化したものである。2項分布とベータ分布の関係は、多項分布とディリクレ分布にもあてはまる。 多項分布 N回の独立事象により、なる確率分布にて、なる観測度数が得られる確率は…

2項分布とベータ分布、生起確率と尤度

2項分布 Aかaかのどちらか片方が確率P(A)、P(a)(;P(A)+P(a)=1)で起きるとする。このような事象がN回、独立に起きるときに、Aがn(A)回、aがN(a)回(;N(A)+N(a)=N)、起きる確率(;2項確率)は次の式で与えられる を満たしている。 AがN(A)回おきるので、同様…

Multiallelic D’

関連記事はこちらとこちら 出典はこちら D’は、2つのSNPが作る4ハプロタイプの頻度のばらつき具合を表す数字で、 1がばらばら、0が均質、です(h1*h4-h2*h3)が0なら、ゼロ、これが大きい方 の極端なら1、です。 multiallelic D'も基本的には、0が…

種分化 speciation

系統樹において、1つの種が2つ(またはそれ以上)の種に分かれること。 それに関する。DNA配列ベースでの比較ゲノム学的な内容については、以下の文献を参照 Science 11 April 2003:Vol. 300. no. 5617, pp. 267 - 268 EVOLUTION: Chromosomal Speciation in…

Nucleotide diversity

前項のnucleotide polymorphismではDNA配列集団に存在する多型の分布を見たが、nucleotide diversityでは、集団を構成するDNA分子同士の異同箇所を問題にする。 全ペアにつき、異なる塩基箇所を数え、その和を、全ペア数xDNA配列長にて除す。その分散も、ソ…

Nucleotide polymorphism

ある集団で、n本の染色体の長さkの配列を観測したところ、m箇所に多型性が認められた。 今、 Principles of Population Genetics 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark 出版社/メーカー: Sinauer Associates Inc 発売日: 1997/10 メディア: ハードカバー …

Allele-sharing distance

表題の用語について質問を受けた。 集団間の遺伝的な距離を表す指標のひとつである。 今、ある多型ローカスがあったとき、2集団間にその多型ローカスの"Allele-sharing distance"が定義される。複数のローカスを用いて、"Allele-sharing distance"を定義す…

ガウスの超幾何関数

書き直して 超幾何関数の記事 超幾何分布の記事(こちら) 超幾何分布を図示するサイト

Structured AssociationとGenomic Control

Structured Association 複数の互いに位置的に関連のない遺伝マーカーにおける観測データを用いて、個人を複数の亜集団に分類する。それぞれの亜集団は階層化がないものとする。亜集団にわけた上で解析をすることで、個々のマーカー・ローカスにおける統計量…

集団階層化

集団から抽出して行うケース・コントロール関連解析は、そのサンプル収集の容易さからCommon diseases関連遺伝子解析の主流となっている。大規模な連鎖不平衡関連解析では、解析遺伝子・ローカスの数が多いことからくる第1種過誤のインフレーションが問題と…

ANOVA (Analysis Of VAriance) と AMOVA (Analysis of MOlecular VAriance)(Population subdivisionにおける)

ANOVA(ANalysis Of VAriance) (分散分析) 基本的な統計手法の一つであり、そのすべてをここで説明することは不適切であるが、簡潔に述べると次の通り 複数(3以上)の母集団を比較し、その平均値が等しいという仮定を検定するのがANOVA(analysis of variance…

Wright’s F-statistics,hierarchic subdivisions(Population subdivisionにおける)

の3つからなる統計量である。 亜集団間の関係を表しているのは、そのうちのになる。以下ではを中心に述べる。 HWE検定(関連記事はこちら)、Fixation index(関連記事はこちら)では、ある集団の内部構造を検討していた。そこに存在する全個体のアレルの分布に…

Fixation index F(Population subdivisionにおける)

次の仮説に基づく、Fixationの指標(subdivisionの指標とも言える) ランダムメイティング集団ではHWEが成り立っている。Subdivisionが起きると、Subdivided亜集団内ではHWEが成り立つが、遺伝的浮動のため、亜集団のアレル頻度に差が生じる。極端な場合には、…

Hardy-Weinberg平衡検定(Population subdivisionにおける)

本来はPopulation subdivisionの検定ではないが、SNP解析出身者にはもっとも理解が容易な指標なので、はじめに説明する HWE検定でHWEが棄却された場合には、Heterozygosityの過少の場合には、subdivisionの存在がその理由である可能性がある(が、そうと断定…

HomozygosityとHeterozygosity

クローン集団でなければ、集団中に多様性が存在する。Diploid個体の集団を取り扱う場合、多様性の指標のひとつとして、集団中の個体のうちホモの個体の占める割合(Homozygosity)とヘテロの個体の占める割合(Heterozygosity)とをよく用いる。 Homozygosity + …

遺伝的浮動(Drift)

集団中にの多様性の素である変異はたえず起きているが、そのうちの大多数は集団中に残ることなく消滅する。理由は、変異配列染色体が次世代集団にかならずしも引き継がれないためである。簡単のために、100染色体があって、次世代も人口増加はなく100染色体…