IBS

PI-HATの値

PI-HATに関する元記事はこちら PI-HATの算出において、IBD=0の推定確率、IBD=1の推定確率、IBD=2の推定確率を算出し、それを用いるが、定義どおりの算出をすると、PI-HATの範囲が0-1の範囲に収まらなくなる。これを防ぐために、IBD=0の推定確率が1を超えた…

PI-HAT

plinkツールについての概説はこちら その中で、血縁関係不明のサンプルについて、サンプルペアのIBDを推定するオプションがある。指標はPI-HAT これについては、plinkの論文(Am J Hum Genet. 2007 September; 81(3): 559–575.)の565ページからの記載を参照。…