昨日の続き PCAにより、ＧＷＡＳのジェノタイプデータでいくつかの軸情報で個人に「位置情報」が与えられる 個人の位置情報に応じて、個人のフェノタイプ(ケース・コントロール)とＳＮＰのジェノタイプの値を補正する 補正したフェノタイプと補正したジェノ…

昨日の続きでは、正方行列を作らずに、非正方行列のままsvd()をかけるとどうなるかもやってみます。 同じ構造を表す固有値と固有ベクトルが取れました。 #構造化集団をシミュレート Nm<-1000 #マーカー数 Npop<-4 #亜集団数 Ns<-c(100,150,200,250) #集団別…

集団構造化があるときに、PCAして、プロットすることがある。 その情報を使って、形質マッピング検定に用いる前座のようなもの。 この論文がEigenstratのそれですが。 ここでやっている、PCA部分をRでなぞってみます #構造化集団をシミュレート Nm<-1000 #マ…