書きかけ！ まず、1次元空間の分布を考える library(sde) library(ggplot2) Npt<-1000 d <- expression(5) s <- expression(3) X <- data.frame(x=c(sde.sim(X0=0,drift=d,sigma=s,N=Npt-1))) #gp <- ggplot(data=X,aes(x=x)) + geom_bar() # 平均値を縦線で…

多次元空間に２つの多次元(標準)正規分布があるとする この空間の点において、２つの正規分布の確率p1,p2の比を求めることにする もちろん２つの正規分布の中心からの距離に応じて、それぞれの確率を計算してからその比を取ってよい 何かしらの理由でそうで…

ROCカーブのこと Rならrocplusパッケージなどがあるらしい ROCカーブとその評価のために凸包を用いることもあるそうだ(こちら) 2群の量的データがあったときに、閾値をスライドさせてそれぞれの閾値において、何検体が閾値越えしたかを数え上げるのがROCの基…

バースデイ・パラドクスというのがある(こちら) 「遺伝情報・DNA鑑定と刑事法」という文章(こちら)で、DNA鑑定に引き写して、バースデイ・パラドクスについて触れられている この場合の確率計算は、「たまたま一致する確率が4.7兆分の１」だったり、実は、も…

かたち: 自然が創り出す美しいパターン作者: フィリップ・ボール,林 大出版社/メーカー: 早川書房発売日: 2011/09/09メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 58回この商品を含むブログ (14件) を見る ぱらぱらめくる『かたち』 流れ―自然が創り出す美しいパタ…

夏至間近のストックホルムの中庭テラスには強めの日差しが差し込んで、テラスの床の煉瓦をあたためている 小さなアリがそこここで煉瓦の隙間から出ては別の隙間にもぐったりしている 「いかにもアリの歩き方だな」と感じられる 速さが変わったり、向きが変わ…

前掲、「数学ガール(ガロア理論)」にて、次元は不変で、不変だから、名前を付ける価値がある、物理で言えば保存量、well-definedとも通じる、という話がある Wiki(well-defined) 生物学が求めているのは、Well-definedな概念と定義。それが、生物学知見の整…

『数学ガール(ガロア理論)』に出る、気になる表現を拾う 確率過程を見ている(こちら) 生物の時系列変化と確率過程 生物多様性とは、「静的」に多様、ということではなくて、時系列上で多様 多様であるとき、「どういう空間」で多様なのか、というと、非常に…

確率微分方程式は 経時的に変化する量の時間微分に確率過程の項がある微分方程式 確率過程の項には、ブラウン運動を基本とする項とその派生物が対応する(ことが多い？)が、ブラウン運動は「いたるところ微分不可能(どんなに小さい時間単位にしてもギザギザし…

こちらの記事(やそのリンク先の記事)で、確率過程には時間的連続による制約があること、それは大きな制約であることが記されている 今の状態は引き続く未来の状態とつながっている、というのが時間的連続 相互作用にも連続という考えを付け加えられる これと…

Levy過程をはじめとする確率過程についてメモしている(こちらとか) 数学セミナーの2012年5,6,7(,8)月号の連載『時空と偶然』の著者、飛田先生は確率過程・ホワイトノイズ・その数学分野としての確立ということをやられてきている(らしい)のだが、その方の座…

library(adehabitat) help(simm.levy) set.seed(411) w <- simm.levy(1:500, mu = 1.5, burst = "mu = 1.5") u <- simm.levy(1:500, mu = 2, burst = "mu = 2") v <- simm.levy(1:500, mu = 2.5, burst = "mu = 2.5") x <- simm.levy(1:500, mu = 3, burst =…

見たいアレルがプールされたサンプル中にあるかどうかを調べたい 実験のコールミスがある 標本中の真のアレル別本数がわかっているものとする そこから指定本数を取り出して実験する 取り出された分の真のアレル本数分布が出る それに、さらにコールエラーを…

Universal Scaling Laws for Hierarchical Complexity in Languages, Organisms, Behaviors and other Combinatorial Systems. 要素がいくつかあって、それを並べる、という形式の表現があったとき、要素数と表現数との間にはどんな関係があるのか

網膜血管(その解剖) 網膜画像(Retinal Imaging)

こんなコメントを、このブログからできた本にいただいた 大量データ科学時代の「遺伝」学の解析を勉強するのに、どこから、どう攻めるのがよいかは、画一的なアプローチがない(と思う)ので、難しい ３大分野別では： 分子生物学・分子遺伝学それ自体が、かな…

こちらで、鑑別診断名の列挙をしている 同じく、こちらで、多次元分割表をRで扱っている 両者は関係がある 鑑別診断名のリストを1列に並べるのは、診断名を１次元で扱うこと すべての病名のリストという1列情報があり、ある基準(主訴とか)に対して、0/1の値…

Rのこんなパッケージシリーズがある。「XxxABEL」(ホームページ) その中のGenABELが『ノートでGWAS』の関数群らしい それを支えているのがDatABEL 巨大な行列形式のデータをRで効率的・高速に扱うための仕組み ファイルとして持っている行列形式のテキストフ…

Automated Message Triage - A Proposal for Supervised Semantic Classification of Messages テキストマイニング

フェノタイプを捕まえることは大事 日本では、症状の表現にオノマトペが活躍している オノマトペの活躍は症状の把握だけでなく、いろいろな分野で見られるが、日本語にオノマトペの豊かで多彩な世界が広がっていることは確か 学生さんの短期調査課題として採…