サンプリングして有限個数の多項分布を生み出すことに関するものと、長さ１を分割する・無限分割することに関するものに大きく２分され、その２つが相互に関連する、という構図になっている 中華料理店過程とその一般化としてのピットマン・ヨー過程 多項標…

こちらでZDD/BDDについて書いた その元ネタとしてこちらがある その中に頻出アイテム集合マイニングという話題がある スーパーで、スーパーの全商品リストを全体集合とし、顧客の１回毎の買い物リストを、部分集合としたときのデータハンドリングの話 まず、…

ハプロイド・ディプロイド あるマーカーのアレル数がkのとき、アレル頻度に関する情報はk個の値で(も)与えられる。ただし、総和が１という制約があるので、自由度はk-1 この自由度k-1の情報を幾何的にどう配置するか、はいくつかやり方がある 例えば、アレル…

SNPのハプロタイプは0,1 Nh<-10 # 染色体本数 Nm<-20 # SNP数 # 適当にハプロタイプを作る H<-matrix(sample(c(0,1),Nh*Nm,replace=TRUE),Nh,Nm) 染色体が２本合わさってディプロタイプを作る 染色体のプールからランダムにペアを作るとそれはHWE仮定 Shuffl…

個々のＳＮＰのアレル頻度は、0-1に均一にした上で、ハプロタイプ頻度をそれなりに出したい N<-1000 k<-10 c<-1 xxxx<-rdirichlet(N,rep(1,2^k)*1/(2^(k-c))) yyyy<-xxxx[,1:2^(k-c)] zzzz<-apply(yyyy,1,sum) hist(zzzz)

アレル共有距離(Allele sharing distance)というのがある。これは、すべてのハプロタイプの差異が変異によるとみなしたときに適当な距離の定義である。種間距離を測るときなどは、これが適当である。全座位が異なるハプロタイプ同士の距離が最大となる。 組…

k個のSNPがあったとする SNPiのアレル頻度を、とする とする k個のSNPの順序をにて決めることとする このとき、次のようなハプロタイプ頻度セットは、全SNPのアレル頻度の条件を満足する k個のSNPが作りうる、種類のハプロタイプをk+1群に分ける SNPのメジャ…

以前、こんな記事を書いた。 A novel method to express SNP-based genetic heterogeneity,Ψ, and its use to measure linkage disequilibrium for multiple SNPs, Dg, and to estimate absolute maximum of haplotype frequency用あって、これの、日本語の…

２SNPが作る４ハプロタイプについて、２群間で検定することを考える。２ｘ４分割表ができて、自由度３である。今、４ハプロタイプをH1,H2,H3,H4とし、ケースのH1,H2,H3の観測本数をx,y,zと自由度３に相当する３変数とすると、２ｘ４分割表の周辺度数に基づく…

SNP数の多いハプロタイプのデータを作りたい。 かなりハプロタイプの種類を少なくする→LD強い HWEを仮定する。 手っ取り早く、それなりのデータを作るためのソース。 SNP数は１万程度までOK。ハプロタイプ数は指定する。 人数は、それなりに。 ただし、SNP数…

データシミュレーションなどをするときには、LDの強さに応じてハプロタイプ頻度を与える必要がある。 一番、頻用するのは、２SNP間のLDの強さに応じて４ハプロタイプ頻度を与えるような場合である。 LDインデックスの１つであるは、２SNPのアレル頻度が与え…

関連記事はこちらとこちら 出典はこちら Ｄ’は、２つのＳＮＰが作る４ハプロタイプの頻度のばらつき具合を表す数字で、 １がばらばら、０が均質、です(h1*h4-h2*h3)が０なら、ゼロ、これが大きい方 の極端なら１、です。 multiallelic D'も基本的には、０が…

ただし、はを包含するSNP数kであるような部分ハプロタイプ 追記(2006.04.22) この漸化式が任意のxについて、ハプロタイプ頻度の総和として１を返すことの確認は、プログラム化することで確認した。

SNPが作るジェノタイプは、２つ以上のSNPでヘテロのときに、そのハプロタイプ型を確定できない。このような「ハプロタイプ非確定型」ジェノタイプの数はどのくらいあるか。 SNP数 ハプロタイプ非確定型ジェノタイプ数

先日、EMアルゴリズムによるハプロタイプ頻度推定が、その初期値設定に依存して、異なる解に収束することを例示した。(記事はこちら) その様子をプロットで示すとこのようになる。 エクセルはブルーのセルに２SNP、９ジェノタイプの人数を入れる。ハプロタイ…

ハプロタイプ、というか、アレル、というかの空間の広さについて 今、i 種類のアレルによって、占められている染色体空間がある。第j番アレルの頻度をと表せば、である。今、このような空間がどのくらい広いかを考える。i 種類のアレルのそれぞれについて、…

EMアルゴリズムは、その簡単なアルゴリズムにも関わらず、最大尤度を与える推定値への収束が知られている。 しかしながら、離散分布においては、特に周辺分布(ハプロタイプ頻度ならば、ゼロに近い 頻度)において、収束速度の低下や、極大尤度への収束が起き…

As the cell counts of the contingency table are based on haplotype frequency estimates, rather than counts, the test statistic will not necessarily follow a chi-square distribution, because of the increased variance of the estimates. Genet…

ある領域に複数のハプロタイプが存在する。その中から疾患リスクアレルを検出する方法にはいくつかある。Tzeng, JY et al.による最近の論文がイントロダクションで紹介している系譜についてコメントする 個々のハプロタイプについて解析する方法 分割表検定…

連鎖不平衡解析などにおいて、組換えを考慮に入れるべき状況にあっては、距離行列が不適切であることに留意。 現在、論文でもっともよく目にするタイプのハプロタイプ同士の親子関係(祖先・子孫関係)の図は、次のような方法である。Arlequin 2.000 のマニュ…

アプリケーション公開先はこちら 目次 概要 入手手順 実行手順 出力概要 追記(11/16/2005)

主な参考文献 Haplotype inferenceのレビュー Algorithms for inferring haplotypes Tianhua Niu Genetic Epidemiology Volume 27, Issue 4 , Pages 334 - 347 Wiley InterScience :: Session Cookies その他の参考文献 MCMC(Markov Chain-Monte Carlo)no ti…

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