ENCODE
What is a gene, post-ENCODE? History and updated definition ENCODEとは 遺伝子の定義の歴史(その図) "Gene as a discrete heredity unit" "Gene as a distinct locus" linearly arranged "Gene as a physical molecule" Transfer of a molecule to modif…
DHS(DNaseI Hypersensitivity Sites)(クロマチン構造が緩んでいるところ)が205,109箇所(セルライン平均)ある(FDR1% でポジティブ扱い)。ゲノムの１％くらい…(FDRで１％なのとこの１％なのとはたまたま？？) ヒストンメチル化のパターンはTF結合部位に関して…
サイト(01) 転写因子結合部位モチーフ(配列のパターン) 実験設定 DNA-binding proteins 119個 72 cell typesとそれらが持つ多数のRNA polymerase構成因子 ChIP-seq 結果概要 87/119個のDNA-binding proteingsが配列特異的転写因子(TFSS:Transcription Factor…
ENCODE explorerでは多数の解析・論文をThreadsと呼ぶものでトピック別に再編しなおしている 複数の論文が転写因子について書いていて、個々の論文では転写因子に関する記載が論文の中の一部である、というようになっている これだと、「転写因子」について…
ENCODE(The Encyclopedia of DNA Elements) プロジェクトの略 National Human Genome Research Instituteが資金提供するプロジェクトで、ヒトゲノム全領域の転写、転写因子の関連、クロマチン構造とヒストン修飾についてのリスト化を目指す それらの同定とア…
ENCODE(The Encyclopedia of DNA Elements) projectをウェブでサーフするサイトが"nature ENCODE explorer"(こちら) 上から読み降ろして行く文章形式ではないので『駆け足で読む』のには少し面倒くさい点もあるのだが、解析の種類も豊富だし、図表もきれいな…
