2008-11-01から1ヶ月間の記事一覧

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ただのメモ

nsample nmarker d d dsign(d) m ccov(t(m)) af

公式メモ

こちらから ガウス積分 特殊な場合 スターリングの公式 のとき、もしくは、精度を上げて、 ガンマ関数 (は自然数) d次元球の体積(半径)

アンビバレント

モジホコリという粘菌は、迷路探索能力を発揮して、イグノーベル賞をとった(とらせた)生物ですが、それをタッパーに敷いた寒天培地上で活躍させてみた。 菌核を寒天培地上におき、霧吹きで湿らせて1夜空けると、華麗に黄色い姿を現した。 オートミールのか…

粘菌 もじほこり

メモ

ポアッソン過程の生起間隔は指数分布 リンク リンク2 リンク3 指数分布 指数分布の期待値は

メモ ハプロタイプ・ディプロタイプの組換え履歴を分岐木管理

package homoStretch; import java.io.IOException; public class CousinMarriage { int id; int gen; int num; int[] numInGen; Person[] person; int len; double rec; Person rootPerson=new Person(-1,-1); public CousinMarriage(int id,int gen,int nu…

メモ

Mathematicaのディリクレ乱数サンプリングも普通にガンマ関数 DirichletパーフェクトサンプリングPDF 京大数理解析研のサイトにアブストラクト coupling from the past(CFTP) アルゴリズムのjava applet

円板上一様分布

> rand1<-runif(1000) > rand2<-runif(1000) > rand2<-rand2*2*pi > X<-rand1*sin(rand2) > Y<-rand1*cos(rand2) > X<-sqrt(rand1)*sin(rand2) > Y<-sqrt(rand1)*cos(rand2) > plot(X,Y)参考にした乱数発生に関するMathematicaの記事

円板上一様分布

直接関係ないけど、Dirichletを使っているパッケージ

Rのspatstatには以下のようにして、ボロノイ図を描いてくれるものもある・・・ X<-runifpoint(42) plot(dirichlet(X)) plot(X,add=TRUE)

確率計算

ディリクレ分布については、Wikipediaの記事がこちら。 このWikipedia記事の図は、3つの独立事象について、 をの場合について、の範囲での範囲について計算し、その結果を、x1,x2の軸についてプロットしたものである。 これをエクセルで計算するとこんな感…

de novo 変異

トリオのデータからは、子の全座位のアレルの由来親が確認できます(以下の図参照)。 Father: F1F2F3... f1f2f3... Mother: M1M2M3... m1m2m3... Child: ...CiCi+1Ci+2Ci+3... = ...FiFi+1fi+2fi+3...fjfj+1fj+2fj+3... ...cici+1ci+2ci+3... = ...mimi+1mi+2…

エントロピーを最大にする確率密度分布 ラグランジュの乗数法

こちらの記事をどうぞ に注意すれば 平均がmで、標準偏差がである確率分布は、定義より この条件を満たす確率分布で、エントロピーを最大にするのは、正規分布であることが示せる。この後は、上に挙げたリンクそのままなので割愛する ラグランジュの乗数法が…