いくつかのツールが散在していて、使いにくい。 まとめる努力をすることにする。 Java でアプリケーションでもあり、かつ、ウェブサイトのアプレットでもあるようにしたい（なるべく、想定利用者（実験系の皆さん）が気楽に使えるように・・・）が、複雑にす…

講義説明用のツール。 たとえば以下のような条件を考えます(掲載図) 広義Heritability=0.6 着目SNPのアレル頻度は0.4 このSNPは遺伝因子全体の1％を説明する程度のものであって このSNPは集団でHWEを満足しており この疾病のphenocopy=0.2で 有病率が0.01 こ…

３月末から何日かに渡り、SNPの連鎖不平衡に関する記事を書いた。それのエッセンスは 連鎖不平衡は、染色体上に乗っていることによって存在する、アレル間の非独立性のことである。 SNPが複数あると、独立であるということは、非常に細かくあっちもこっちも…

KEGGはこちら 分子パスウェイが公開されている ヒトのT細胞受容体のパスウェイの図はこちら(データベースリンクト) テキストで情報を使うなら、こちらから該当ファイルを取得 グラフ関連公開アプリケーション(こちらとこちら)に使わせていただいているVGJに…

超幾何分布 母集団の個体数が 母集団の個体は特性Aの有無で２種類に分けられ、その数はとである 特性Aを有する比率 今、標本をサンプリングし、そのうち、が特性を有し、それ以外が有していないとする( このような標本を得る確率は、超幾何分布になり、次の…

常染色体のSNPペアについて、トリオデータをもとにハプロタイプ頻度推定をし、その連鎖不平衡係数を計算することについて 先日、掲載した２つのエクセルファイル(こちらの記事)は、若干の修正をして、再アップロードした メンデルの法則を満たさないデータを…

有限本数の染色体を観測した場合、母集団でのSNPのアレル頻度によらず、ある確率でLD指標のD'、r^2が１となるような観測データが得られる。D'=1となる確率、r^2=1となる確率はそれぞれ、２SNPが作る４ハプロタイプの母集団における頻度および、観測する染色…

ベータ版扱いです。ファイルはかなり重いですので、アクセスには忍耐が必要かも知れません(重いのは、EMのiteration 5000回分のところ)。 X染色体は、男に１本、女に２本ありますので、ハプロタイプ推定にあたっては、観測データにつき、女のデータは２本分…

ベータ版扱いです。2種類にしました。 トリオのデータは、親子関係を利用して伝達ハプロタイプ・非伝達ハプロタイプを特定し、ハプロタイプ推定の精度を上げることができる。以下の２エクセルファイルは、トリオの３人の２SNPジェノタイプ情報から、両親2人…

今、アレル頻度p,1-pなる対立遺伝子座がある。有効集団サイズNで一定であるときにこの座のアレル頻度は遺伝的浮動により、固定(p=0 or 1)となる。その途中経過をプロットするエクセルである。入力値は、初期アレル頻度、経過時間、有効集団サイズ、および、…

ベータ版。HapMap公開データ検証用(予定)。 既存プログラムとの結果の検証がまだ済んでいない版になるので、使用には注意。検証が終了したら、ホームページへ以降予定。 ファイルはこちら Haploviewにおける、トリオデータの連鎖不平衡指標の算出についての…

拡散方程式は次のようになる。ただし、Nは集団の大きさ 、ただし、xは0より大、1より小 この拡散方程式の厳密解 ただし、は超幾何関数(これについてはこちら) 超幾何関数は、この記事にもあるように、無限個の項の和で定義されるが、実は、のが効いていて、i…

VGJというグラフ理論用のアプリケーションが組み込まれており、その図として出力される 図はVGJのメニューバーから"File"→"Save"もしくは"Save As"として保存できる。保存したファイルは"File"→"Open"で再度図表示できる VGJによる図(グラフ) 入力ファイルの…

京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センターのサイトよりjarファイル(実行可能形式ファイル)にてダウンロードします MutationStringアプリケーションのソースは、オープンソースアプリケーション"VGJ(GNU General Public License, Version 2*1 に基づく…

jarファイルからアプリケーションを起動(ファイルのダブルクリック)する "Menu"ウィンドウ ５つのボタン 第１ボタン"Start MutationString" 実行ボタン 入力ファイルを指定するための"Select a haplotype file"ウィンドウが立ち上がる 第２ボタン"Demonstrat…

要旨 SNPでできたハプロタイプの親子関係を、中立仮説に基づいた点突然変異のみでParsimony論理によって決定論的に定められる範囲を定め、図示するツール 目次 入手手順(こちら) 実行手順(こちら) 出力概要(こちら) 概説 本アプリケーションの位置づけ Wrigh…

アプリケーション公開先はこちら 目次 概要 入手手順 実行手順 出力概要 追記(11/16/2005)