遺伝 遺伝するとは、複数の『個体』の間に存在する『血のつながり』が『個体』の『フェノタイプ』に『影響する』こと 簡単に言うと、遺伝子が伝達することと、形質が伝達すること 血のつながり ２つの関係 １つは、『個体』が作る、家系という関係 もう１つ…

遺伝子多型 DNA配列は、同一種内で異なる部分がある。それを多型という。集団中での割合を定義に持ち込むこともある 一塩基多型(SNP:Single Nucleotide Polymorphism) DNA配列のある塩基が異なるような多型。たいていの場合、A,T,G,Cの４種類のうち、２種類…

多型ジェノタイプ・形質間関連を解析する手法を了解するための覚書 学部生レベルからスタート・・・？？ 最後は、この記事の内容を了解して、この計算機(ベータ版・動作未確認・出力値の正しさも未検証)の出力を理解するところまでを目指す

Hardy-Weinberg平衡(HWE:Hardy Weinberg Equilibrium) ある集団において、メイティングがランダムであるとき、ディプロタイプが持つ、アリルの組合せは、集団のアリル頻度によってのみ決まると考えられる。ジェノタイプの頻度分布とアリルの頻度分布との関係…

アリル、アリル数(SNPのアリル数 NSa、CNPのアリル数NCa) SNPのアリル SNPのアリルはA,T,G,Cの４塩基のうちのどれかひとつをとる、とり方であるので、最大アリル数は４。 アリル数２であることが普通。実験データとしては、アリル数２のSNPのディプロタイプ …

SNP,CNPによらず、ジェノタイプ一般のこと 質的形質・量的形質によらず、形質一般のこと すべての場合に通じること ジェノタイプとフェノタイプとの間の関連・相関を調べる ジェノタイプは、カテゴリカルデータである ジェノタイプカテゴリに順序を考慮しな…

先日エクセルで線形回帰、という記事を書いた(こちら)。 その記事からリンクを張ったエクセルの計算をjavaにやらせたソースがこちら package StatUtilsX; public class LinearRegression { public int N; public double[] df; public double[] SumSq; public…

パスカルの三角形 パスカルの半平面(『数学する精神』著者のホームページのPDFはこちら) 小数点以上無限桁 P進数・・・素数qで割れる回数で２数間の距離を定義(Wikipedia) 「自然な拡張」数学する精神―正しさの創造、美しさの発見 (中公新書 1912)作者: 加藤…

“はかる”科学―計・測・量・謀…はかるをめぐる12話 (中公新書)作者: 阪上孝,後藤武出版社/メーカー: 中央公論新社発売日: 2007/10メディア: 新書購入: 3人 クリック: 47回この商品を含むブログ (16件) を見る印象的なこと 第４章 アフォーダンス 動いていると…

量的形質と遺伝子マーカー(SNP)との間の関係を検定するとする。 以前、正規分布近似ができない場合として、Jonckheereに関する記事を書いた(こちら)。 今回は、正規分布近似ができるものとする。対数変換によって、正規分布近似が可能となる場合も含める。概…

n次元空間格子を余すことなく探索したい。 ヒルベルト曲線は、そんな感じのステップである。 Wikipediのヒルベルト曲線のページには、描図が紹介されている。 そこで使われているアプリは tuga turtle。 とてもかわいい。 空間充填曲線とフラクタルはこちら…

ディプロイドのコピー数多型が染色体別に決定されたとして、観測サンプルのコピー数別アレル数を確定的に算出し、それをもとに期待度数を算出し、観測度数と比較してカイ自乗検定をする場合と、ディプロイドの保有コピー総数のみが観測されて、それに基づい…

この記事はこちらの記事の続き。 今、コピー数アレルがある。 ディプロタイプが確定できるとき、ジェノタイプは。ディプロタイプが確定できず、保有コピー数が確定できるとき、ジェノタイプは。ケース・コントロールの２群で、このジェノタイプ分布に差があ…

ここ数日、Copy numer variationデータのケースコントロール解析処理についての覚書を続けている。昨日、CNVジェノタイプは、2本の染色体のコピー数の和として観測されることが多いこと、その情報から集団のコピー数頻度をEMアルゴリズムで推定すること、そ…

最大でなるコピー数アレルを有するCNVを考える。 集団内に実在するか否かは考慮せず、コピー数がの種類のアレルが存在するものとする。 アレル数はである。 ディプロタイプを考える。 ２アレルを区別して特定するようなジェノタイプ(ジェノタイプx)は種類あ…

アレルタイプ数をとする。Diploidではジェノタイプは。アレルをとし、その頻度を、観測本数をすると、ジェノタイプの観測人数がと表せる。 今、HWEにおける期待人数は,(ただしを観測人数、)と表される。 カイ自乗検定をするとすれば、、として表せる。 これ…

CNV多型についての論文メモと、CNV多型のケースコントロール関連検定についての現状をまとめた(記事はこちら)。 おおまかに言って、６、７年前のSNP２ｘ３分割表検定の頃と同じ事情のようだ。 とりあえず、ケースコントロールデータを発表するにあたり、ひと…

Lupski, J.R. Genomic rearrangements and sporadic disease. Nat Genet (2007).(アブストラクト) サイト Database of Genomic Variants Decipher UCSC ゲノム構造の変化に伴う疾患 Genomic disorders

リストアップした論文へのリンクは こちらから1. Aitman, T.J. et al. Copy number polymorphism in Fcgr3 predisposes to glomerulonephritis in rats and humans. Nature 439, 851-5 (2006).CNVと疾患形質との関係は、コピー数について、ケース・コントロ…

Genome Research Wray et al. 17 (10): 1520. (2007)

A tutorial on statistical methods for population association studies. Nature Reviews Genetics 7 781-791 (2007) by David J. Balding Natuer reviews genetics リンク The Future of Genetic Studies of Complex Human Diseases. Science 273 1516-151…

Nature, Science, Nature Genetics, PLoS Genetics Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature 447 661-678 (2007) by The Wellcome Trust Case Control Consortium PubMedリンク A Common…

Am J Hum Genet 81 321-337 (2007) Case-control Association Testing with Related Individuals: A More Powerful Quasi-Likelihood Score Test. T. Thornton and MS McPeek

Am J Hum Genet 81 208-227 (2007) A Bayesian Measure of the Probability of False Discovery in Genetic Epidemiology Studies. by J. Wakefield Am J Hum Genet 81 304-320 (2007) Bayesian Mapping of Quantitative Trait Loci for Multiple Complex Tr…

Am J Hum Genet 80 531-538 (2007) PI Lin, et al. No Gene Is an Island: The Flip-Flop Phenomenon. 着目遺伝子・多型のリスクが、背景因子の影響で逆側に振れる現象についてのモデル考察。

Am J Hum Genet 80 502-509 (2007) Gene-Expression Variation Within and Among Human Populations. JD Storey et al. 体系的遺伝子発現データを民族別に区別しても、個人間のばらつきの方が民族間のばらつきより大きいという話。 個人的感想 『民族の形質…