Information Geometry and Population Genetics: The Mathematical Structure of the Wright-Fisher Model (Understanding Complex Systems)作者: Julian Hofrichter,Juergen Jost,Tat Dat Tran出版社/メーカー: Springer発売日: 2017/03/06メディア: ハード…

ペイパー Simulation strategies Forward Backward Ways to use Predictive uses Statistical inference Validating statistical methods Designing a simulation study For predictive uses For statistical inference Choosing simulation softwares

親族の基本構造作者: クロード・レヴィ=ストロース,福井和美出版社/メーカー: 青弓社発売日: 2001/01メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (20件) を見る この本は大部な本である 親族の構造とそれを群でとらえることについては、…

数学と文化人類学の邂逅(資料１) ムルンギン体系(資料２) 親族の基本構造作者: クロード・レヴィ=ストロース,福井和美出版社/メーカー: 青弓社発売日: 2001/01メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (20件) を見る

ライフゲーム(２次元パターンの推移)をもう少し、丁寧に見よう ２次元の格子が「空間」 状態は２状態。「生」と「非生」 時間は離散的 次世代を決めるのは、現世代の状態のみ あるセルの次世代の状態を決めるのは、「自身のセル」と「近傍のセル」の状態 ラ…

deFinetti<-function(g=c(0.09,0.42,0.49)){ x<-seq(from=-1/sqrt(3),to=1/sqrt(3),by=0.01) y<--1.5*x^2+1/6 plot(x,y,xlim=c(-1/sqrt(3),1/sqrt(3)),ylim=c(-1/3,2/3),type="l") abline(a=2/3,b=sqrt(3)) abline(a=2/3,b=-sqrt(3)) abline(h=-1/3) AA<-c(-…

初歩からの集団遺伝学作者: 安田徳一出版社/メーカー: 裳華房発売日: 2007/12メディア: 単行本 クリック: 10回この商品を含むブログ (4件) を見る オンリーワン・ゲノム―今こそ『遺伝と多様性』を知ろう作者: 鎌谷直之,早未恵理出版社/メーカー: 星の環会発…

近親交配の影響を量的に考える

Fstの今

Spatial patterns of variation due to natural selection in humans by J. Novembre and A. Di Rienzo in Nature reviews genetics

リンク

１ 遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え) ２ 集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史…

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CNVジェノタイプデータ 関連検定 Heterogeneity検定 マン・ホイットニー・ウィルコクソン ２群わけ ロジスティック回帰 トレンド検定 HWE検定 ハンドアウト

分子遺伝学おさらい 多型と分子遺伝学・分子レベルのアレル特異性 関連と因果 スライド

バリデーション・レプリケーション 発端研究でのバリデーションセットの重み レプリケーションスタディのやりかた タイプ１エラーの評価 パワー 手法 メタアナリシス 異民族のこと 異民族スタディの意義、ＬＤ構造の違い 民族間リスク差の有無と解釈 その場…

データＱＣ データＱＣはなぜ必要か データＱＣ総論 基本がわかれば、後は、応用 マルチプルテスティング 概論 対処法 集団構造化 概論 対処法 ＳＮＰひとしなみ ＳＮＰ個別 サンプル層別化 Non-frequentist FDR ベイズ〜マルチプルテスティング対応 特にサ…

検定の分類 漸近近似 漸近近似検定 尤度比検定 正確検定 2x3分割表検定の諸相 自由度２検定 自由度１検定 Biased 検定 ロジスティック回帰 カテゴリカル形質、順序なし、順序あり Kruskal-Wallis, Jonckheere-Terpstra ロジスティック回帰 量的形質 線形回帰…

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SNP diallelic 数に関すること No. SNPs ns No. haplotypes nh, No. genotypes, phased, ngp, Homozygous types Heterozygous types No. genotypes, unphased, ngu, LD/LE ハプロタイプ頻度とＳＮＰアレル頻度との間の独立性 Diplotype アレルのペア HWE/HWD…

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Population genetic analysis of shotgun assemblies of genomic sequences from multiple individuals. by Hellman, I. et al., Genome Research online publication on 22 July, 2008 Nucleotide diversity selection, drift local relates local recombin…

カタログ 引用文献はこちら Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide. Laurent Excoffier and Gerald Heckel Nature Reviews Genetics 7, 745-758 (October 2006) Nature reviews genetics本文へのアクセスがあるなら次…

The nuetral theory and molecular evolution 中立仮説が成り立つとき、Homozygosity = , . は有効集団サイズ、は変異率 Estimating rates of molecular sequence divergence Sequence divergence: 長さnの２配列があり、そのうちm箇所が異なり、n-m箇所が同…

前項のnucleotide polymorphismではDNA配列集団に存在する多型の分布を見たが、nucleotide diversityでは、集団を構成するDNA分子同士の異同箇所を問題にする。 全ペアにつき、異なる塩基箇所を数え、その和を、全ペア数ｘDNA配列長にて除す。その分散も、ソ…

ある集団で、n本の染色体の長さkの配列を観測したところ、m箇所に多型性が認められた。 今、 Principles of Population Genetics 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark 出版社/メーカー: Sinauer Associates Inc 発売日: 1997/10 メディア: ハードカバー …

以前、駆け足で読むシリーズでPCクラスタの記事を書いた(こちら) 最近、PCクラスタの導入を前提として、復習を始めることを記事にした(こちら) 遺伝的浮動が熱力学的拡散方程式様の数式表現をされることも記事にした(こちら) 「駆け足シリーズ」のときには、…

簡単のために、２アレル多型２ローカスについて考える。00 11というハプロタイプがある。この２ハプロタイプ間で交叉が起きると、組換え体01 もしくは 10が生じる。今、ハプロタイプとして00 01 10 11があったとき、組換え体を生じるハプロタイプのペアは00-…