2015-01-01から1年間の記事一覧
年末。 12月号 Single-cell epigenomics: techniques and emerging applications １細胞エピゲノム 11月号 Molecular insights into transgenerational non-genetic inheritance of acquired behaviours DNA配列によらない後天的行動の遺伝 Random monoallel…
メイン資料 その他資料１,その他資料２,その他資料３ ヘビーな資料 略語：Grading of Recommendations, Assessment, Development and Evaluations (GRADE) どういうもの？ 個別のスタディを眺めていても最終判断ができないので、以下のことに注意して「総合…
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26239711:Return of genetic testing results in the era of whole-genome sequencing(Nat Rev Genet. 2015 Sep;16(9):553-9. doi: 10.1038/nrg3960. Epub 2015 Aug 4.) 内容は： Whole genome sequencingの実施に関する…
centOS??での例(また聞きしたものをそのままメモ) - ソースの取得 % git clone http://git.mitk.org/MITK.git カレントディレクトリに MITK というディレクトリが出来る - ビルド用コンフィグの作成 % mkdir MITK-superbuild % cd MITK-superbuild % ccmake …
paper fMRIのための各種ソフトウェア MATLABのSPMを筆頭にFSL,MIPAV,AFNI,FreeSurfer,ANTS RのパッケージとしてAnalzeFMRI,oro.nifti,oro.dicom,fmri,neuRosim,arf3DS4,RNiftyReg,brainwaver,tractor.base,https://cran.r-project.org/web/packages/waveslim…
こちら
資料
目次 1. Introduction I Theory: Principles of Diagnostic Measurement with DCMs 2. Implementation, Design, and Validation of Diagnostic Assessments 3. Diagnostic Decision Making with DCMs 4. Attribute Specification for DCMs II Methods: Psych…
Imarisはライフサイエンス・イメージの視覚化・解析ソフト そのファイル形式の説明はこちら 販売元のウェブサイトはこちら(日本代理店)
Leicaの拡張子はlif(こちら) pythonで Nikonの拡張子nef(こちら) pythonで NikonによるLive cell imaging nefファイルをnumpyへ(こちら) こちらの'_DSC4175.NEF'ファイルをダウンロードし import numpy import rawpy path = '_DSC4175.NEF' raw = rawpy.imre…
4d data ROI(Region of interest)-analysis scipy.ndimageはarbitrary dimension arrayの画像処理をするモジュール 基本処理としてはフィルタとか(こちら) numpyのアレイの作りに関する記事 numpy.arrayの演算の速さに関する記事(コピーする操作としない操作…
書式 こんな風になっている dcmファイルが実際そうなっているかは、これのようなバイト表示アプリで開いてみればよい このアプリでは、左の塊と右の塊があるが、右のかたまりをいじると、左のバイトが適宜変更される様子がわかる
このサイトがよい pydicomのインストール こちらを参考に mkdir pydicomdir cd pydicomdir git clone "https://github.com/darcymason/pydicom" cd pydicom python setup.py install pythonから使う(numpyは入っていたものとする) python として、pydicomに…
デシメーション(間引き)してmeshを簡略化 MITKのプラグイン(1) MITKのプラグイン(2)
4DデータはfMRIで進んでいる 例えば、Analysis of fMRI Timeseries(PDF)とか それに関してPythonはPyMVPAがExamplesを提供している ちなみにPyMVPAはMultivariate Pattern Analysis in Pythonのこと fMRIはランダムフィールドを使うのだけれど、そんなことを…
MITKは医療画像を扱うC++モジュール。MITK Workbenchはそのエンドユーザ的アプリケーション ダウンロードサイト サンプル画像 こちらから、DICOM形式の手首の3D画像をダウンロード MITK Workbenchを立ち上げて メニューバーからDCM(DICOM)を選ぶ。Importタブ…
The Medical Imaging Interaction Toolkit: challenges and advancesが元ネタ どういう要請があるか(Medicalツールとして) 色々なデータが取り扱えるように拡張性があること 画像ハンドリングの結果を次の行動の指標としてすぐに使えるような手法・ツール開…
本家ホームページ MITKとはC++ベースのライブラリであって、それを使ったアプリでもある 医療画像のエンドユーザインターフェースでもあり それを使って新しいデータハンドリングツールを作り込めるし 新たなplugin開発もできて MITKベースのアプリも作れて …
Surface renderingの必要性はGPUの発達で薄れつつあるが… ContoursデータからSurfaceを作る 三角化 グラフ扱いをする。点とその近傍(ユークリッド距離としての近傍・トポロジー的な近傍) グラフの扱い Shared vertex representation Winged-edge data struct…
画像処理後データを何の目的で、どのように使うかは処理の質・時間などと密接に関連する それを系統的に考えるための章 まあ、常識的な話
Image segmentationの話(画像領域を分ける) 境界を探して決める 同一セグメントに帰属する範囲を定めて結果として境界を決める Preprocessing ROI (Region of Interest) selection 補間、規格グリッド適合 分布補正〜ヒストグラム変換 Noise reduction techn…
グリッド 2D grid, 3D grid, Grid point (pixel, voxel) グリッド２点の中間点〜linear sample point グリッド正方形の中心点〜bilinear sample point グリッド立方体の中心点〜trilinear samle point 辺・面・立方体上の点をパラメタ表示して補間する アー…
大きな中身 To explore data To test a hypothesis based on measurements or simulations and their visualization, and the presentation of results 構成 Part I Acquisition, analysis, and interpretation of medical volume data 立方格子の各ボクセル…
Visual Computing for Medicine, Second Edition: Theory, Algorithms, and Applications (The Morgan Kaufmann Series in Computer Graphics)作者: Bernhard Preim,Charl P Botha出版社/メーカー: Morgan Kaufmann発売日: 2013/12/09メディア: ハードカバー…
解像度の高い画像処理をするには、2D画像/3D画像をグリッドに分けて、小領域(ピクセル・ボクセル)単位で並列化することの効率がよい そのような並列処理に特化しているのがCPUではなくてGPU(Graphical Processing Unit)、もしくはGPUのなかでも汎用利用を想…
空間をマルコフチェイン移動していく
多変数に独立に値を与えるといつまでたっても、スカスカ、なので、リサンプリングを導入することで、それなりに「密度を高く」する(？)
だんだんサンプリングする分布を狭めていく
複数の確立変数があるとき、１変数とその他変数に分けてそのうえで乱数発生する
p(x)は多変量正規分布とみなせる場合がある そうみなしてよいのなら、それを規定するパラメタをうまくとればよい
