こちらに要因によって分けましょう、という話 どういう風に、「ほら、要因を入れるとこんな感じ」と説明できるだろうか あらかじめ情報を取って割り付けに使うことと、情報を使うことは別だが… 要因数とサンプル数とかも含めて サンプル数100の場合と1000の…

薬学部の講義？ 資料(ウェブサイト) たとえば、このサイトが自由に使えるようにする？ テーマ：薬物治療・薬理効果に関する個体差と遺伝的多様性(総論) 個体差の捉え方 genotypeとphenotype 個体差の構成要素 ADME(レビュー) 人体の構造と機能と環境因(とオ…

量的計測値がある その後、量的計測値が対応してとれる たとえば、治療前の検査値(x)と生存期間(y)、とか 昨日はkNN密度推定を使って、x,yが多次元データであって、しかも、分布が「なんでもあり」なことをやった 今日は思い切り単純にして、xも１次元、yも…

昨日、トーラス状の分布や、それと関連した分布のことを書いた 条件付き確率密度を推定する…というような枠組みで考えてみる 説明分布（例では２次元分布）と被説明分布（例では２次元分布）の同時分布についてkNN法で密度分布を推定するとする さらに説明変…

トーラス上の乱点をvon Mises Fisher乱点を使って作る そのトーラス上乱点の方向ベクトルを期待ベクトルとしたvon Mises Fisher乱点方向（だがノルムはばらばら）であるような点があるとする それらの相互関係を図に示してみる library(FNN) my.dist.KL <- f…

こちらでt.test()の中のハンドリングのことが話題になっていた ２次データ（各標本の値がわかっているわけでなくて、検体数・平均・（不偏）分散など）だけを用いて検定とも比較していた。ちなみに１次データは「各標本の値が全部わかっているデータ」 等分…

こちらで方向統計学をぱらぱらめくっている ここに順列・パーミュテーション(n!)を(n-1)^2次元にある単位球面上に埋め込む話とそれを方向統計学と結び付けて、組み合わせ・離散問題を球面上の連続分布問題に結びつける話がある 状態空間で時間経過を過去の情…

適当に点をとって、信頼区間を計算する関数predict()の出力を確認してみる 線形回帰の結果の中身を覗く lm.out <- lm(y~x) summary(lm.out) > summary(lm.out) Call: lm(formula = y ~ x) Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -2.6354 -0.2825 0.1845 0.5036 1.…

Properties and rates of germline mutations in humans 多型タイプ別のmutation rate Single nucleotide variationsのmutation rate およそ変異/塩基対/世代 複数の解析アプローチで大体同じ kは1前後 エクソンではkが高め(２くらい？) Copy number variati…

もっとも一般化された形であるFisher-Binghamの場合は２箇所に集まる場合もある？？ 一般次元球面上の分布von Mises-Fisher分布をさらに一般化する話 本の中で一般化の頂点に書いてあるFisher-Bingham分布とそれより１段階簡略化してあるKent分布を取り上げ…

von Mises distribution # Generate 100 observations from a von Mises distribution. # with mean direction 0 and concentration 3. data.vm <- rvonmises(n=1000, mu=circular(3), kappa=0.1) # Shrink the plot so that all points fit. plot(data.vm, …

Directional Statistics (Wiley Series in Probability and Statistics)作者: Kanti V. Mardia,Peter E. Jupp出版社/メーカー: Wiley発売日: 1999/01メディア: ハードカバー クリック: 6回この商品を含むブログ (3件) を見る 方向統計学のWiki記事(こちら) i…

円周上の分布 直線上の分布の特性関数・フーリエ変換は容易に円周上に拡張できる(周期性の制約を入れる) 円周上に定義されている分布 指数関数モデルと、直線上分布の円周上への巻きつけ トーラス上の分布、円柱上の分布 ２つの独立な円周上のvon Mises分布…

こちらにあるように日本人に多い大血管系の血管炎である高安病の遺伝因子の報告がありました。高安病に近いサイズの血管の炎症を来す側頭動脈炎の関連座位とのオーバーラップの可能性もあり、血管炎症候群の分類とその遺伝因子の報告の現状を確認しておきた…

分布やpoint cloudがある それが２つある 比較する Earth Mover's distanceとかKL divergenceとかを考える 「累積分布」のようなものをとって、対応累積点の移動ベクトルのようなものを考える 2以上次元のときはTriangulationとかして、何かしらその代用を想…

こんな分布がある 左は全サンプルの分布、中央と右は群１・群２の分布 群１と群２の間で違っているだろうか？ シミュレーションでは、分布の左にある小さいコブの位置が少し違えてある シミュレーションでは、２峰性の分布の横軸が(実験系の影響で)ぶれるこ…