n次元ユークリッド空間に、相互に直交するn本の単位ベクトルを置き、,,とすると、この部分空間はn-1次元である。 このn-1次元部分空間上に、相互に対称な、n本のベクトルを置くことを考える。 を中心とする。このを用いて、を定めると、n本のベクトルが、n-1…

日本語でつかむ。 統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀作者: デイヴィッドサルツブルグ,David S. Salsburg,竹内惠行,熊谷悦生出版社/メーカー: 日本経済新聞社発売日: 2006/03/20メディア: 単行本購入: 28人 クリック: 366回この商品を含…

ハワイ オアフ島で10/18-20 にIGES(International Genetic Epidemiology Meeting) 2009が、それに引き続いて、10/21-25にASHG(American Society of Human Genetic Meeting) 2009が開かれました。前者は、オアフ島の北海岸のリゾート Turtle Bayで、後者はホ…

PCAでジェノタイプデータの処理をするのと同様に、因子に分ける、さらにその因子数が少ないだろう前提を利用する。 Sparse factor analysis自体についてはこちらを参考 因子分析については、Wikiのページ。

論文のダウンロード先がこちら代表的な３冊の本をまとめたのがこちらStatistical Methods, Experimental Design, and Scientific Inference作者: Ronald Aylmer Fisher,J. H. Bennett出版社/メーカー: Oxford Univ Pr on Demand発売日: 1990/08/09メディア: …

カイ自乗分布の確率密度関数(pdf);自由度k カイ自乗分布に従う統計量に関する検定ｐ値は、カイ自乗分布の累積密度関数(cdf)を使うと;自由度k であるから ここで、 であるから k=2のとき

２ｘ３分割表は自由度２である ある周辺度数が与えられたときに、その周辺度数を満足するテーブルの取り方はいくつあるか これを幾何的に計算して出してみよう 掲載図の原図はこちら

ThrustはCUDA用の並列アルゴリズムライブラリ。紹介とインストールはこちらを。 このメモ日記を書いている今、CUDAのバージョン2.3はベータ版。インストールしたのは2.2 リンクを張った記事では、CUDAが2.2、Thrustが1.0.0なので、それに合わせてインストー…

シミュレーションを並列処理するとき、同一のシードからスタートした同一の疑似乱数列を使うことになる。理事乱数列としてjavaで使っていたメルセンヌ・ツイスターを使うべく、C用のソースを入手して、CUDAのホストコードに使ってみることにする。 メルセン…

CUDAも動く、CUDA SDKも分かってきたので、ソースをいじろう。 東工大 丸山直也氏の講習会資料(2009年春)「GPUを用いたHPC: 基礎と応用」全５回が、東工大のホームページから閲覧可能です。 はじめに CUDAの基礎その１ CUDAの基礎その２ TSUBAME のTesla を…

生い立ちを知ることも大事 以下、まだ読んでいないので、コメントは外れているかもしれないけれども・・・ 日本語でつかむ。 統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀作者: デイヴィッドサルツブルグ,David S. Salsburg,竹内惠行,熊谷悦生出…

SDKを使ってGUIベースでプログラムを作るときは、GUIがディレクトリ構成等の面倒を見てくれるので意識する必要はない(のだと思う)が、GUIを使わずにSDKのサンプルプロジェクトを書き換えながら、新規のプログラムを作るときには、ディレクトリ構成を気にする…

Windows上でCプログラミングをするために： コンパイラが要ります 統合開発環境もあります こちらの記事では、統合開発環境のトップにEclipse+CDT(C-depeloping toolsとかの略と思います）がある さらさらと、うまく設定が済むように書いてあります。 実際に…

Cの基礎の基礎、「C言語入門」 Cのライブラリの作り方とそれを入れ込んでのコンパイル(こちら)

並列処理 並列処理には、基本的なことがあり、それに関するチューニングは出来合いのものにお任せすることも適切 例えば、やりたい処理をベクトルや行列の計算としてやれば、CUBLASとかにお任せすればよい ２分岐木方式でまとめ上げていく、とか CUBLAS CUBL…

CUDAのHost codeに以下のような記述がある。 dim3 grid(size_x / BLOCK_DIM, size_y / BLOCK_DIM, 1); dim3 threads(BLOCK_DIM, BLOCK_DIM, 1); transpose<<< grid, threads >>>(d_odata, d_idata, size_x, size_y); grid, threads,BLOCKについて GPUとGrid …

いわゆるハローワールドソース。"hello.c"として保存して #include <stdio.h> int main(void) { printf("Hello, world\n"); return 0; } "gcc hello.c"とコマンドを打つと、"a.exe"なる実行ファイルができる。 "Makefile"という拡張子なしのファイルを以下のように作</stdio.h>…

CUDA BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms)は、ベクトルと行列を扱う線形計算ルーチンを集めたもので、CUDA用にチューニングされたもの(こちらに記事)

CUDAサンプルソースはこちらから、ダウンロード。基本的には、"hoge.h"と"hoge.cu"と"hoge_kernel.cu"とを見る。"hoge.h"が、条件設定のファイル。"hoge.cu"がホストを動かす部分で"Host code"と及ばれている。"hoge_kernel.cu"がGPUで並列処理する部分で"De…

まず、サンプルが動くことを確認。 "/home/ryamada/NVIDIA_CUDA_SDK/projects/matrixMul"にサンプルプロジェクトがあるので、それをやってみる。 "/home/ryamada/NVIDIA_CUDA_SDK/bin/linux/release"以下に"matrixMul"という実行可能ファイルを作って、それ…

JavaでCUDAを動かすのは、そのうち可能になりそうだが、まだ、未完成のよう・・・（たとえばこちら） というわけでC Javaをeclipseで覚えたので、Cもeclipseでやれば、乗り切れそうに思う。何と言っても、コードを書いて、ビルド・デバッグがさらさらできる…

PC・GPU RV724AV-CREUHP xw4600/CT Workstation OSなしモデル インテル(R) Core(TM)2 Duo E8400 (3.00GHz/6MB/1333MHz FSB) インテル(R) X38 Express チップセット 4GB DDR-2 SDRAM(800MHz, ECC, 2GBx2) 500GBハードディスクドライブ(Serial ATA 3.0Gb/s, NC…

An Introduction to Copulas (Lecture Notes in Statistics)作者: Roger B. Nelsen出版社/メーカー: Springer Verlag発売日: 1999/06/01メディア: ペーパーバック クリック: 11回この商品を含むブログ (1件) を見る 全体を通じて 2次元Copulaで概念説明 多次…