推定
ケース・コントロールスタディ (患者、非患者) ｘ （要因あり、なし） --- title: "遺伝情報活用のための遺伝統計学" author: "ryamada" date: "2016年10月2日" output: html_document --- # 概論 遺伝的バリアントのリスクに関するデータを読み、それがもた…
目次 ローカスリスク 分割表 オッズ比・回帰係数 点推定・区間推定・ベイズ推定 家系におけるアレル保有率推定 他と比べる推定 マルチプルテスティング補正 棄却 FDR 進め方 典型例の提示 データのシミュレーション作成 検定・推定の実際 検定・推定結果の統…
これの続き こちらがPDF まだうまく読めるかどうかわからないので、ひとまず登場する用語をメモ 調和解析,フーリエ変換,ウェーブレット変換,推定,James Stein推定,Sparcity,Oracle inequalities,逆問題,時系列解析,Besov space,ウェーブレット縮退 Karhunen-…
こちらでたくさんの値を一括して観察したときに、個々の観察について推定する話の１つをやっている(まだ読み終わっていないけれど) 要するに、「たくさんの値を観察」して、それらが「全くの無縁であるわけではない」ときに、「一緒に観察した値を反映」させ…
ここ数日は方向推定の話が続いている 次元空間にのスカラーの分布があるときの推定や図示はカーネル分布推定・ヒストグラム 次元空間にのスカラーの分布があるときの推定も同様 次元空間にのスカラーの分布があるときの推定も同様 次元空間にのベクトルの分…
こちらから my.JS.estimate <- function(x){ m <- mean(x) A1 <- (length(x)-2)/sum((x-m)^2) y <- (1-A1)*(x-m) +m return(y) } n.iter <- 1000 N <- 1000 A <-pi R.As <- R.Bs <- rep(0,n.iter) for(i in 1:n.iter){ # 変なデータとして、正規分布と指数分…
# [-h,h]の範囲の一様分布をカーネル関数とする my.rect <- function(x,h){ ret <- rep(0,length(x)) ret[which(abs(x)<=1)] <- 1 ret } hs <- c(0.1,0.25,0.5,1) y <- seq(from=-10,to=10,length=1000) x.k <- matrix(0,length(y),length(hs)) for(i in 1:l…
# Function to estimate polynomial coefficients and coordinates estimated # 多項式近似の係数と、推定座標を返す関数 glmPolynomial<-function(y,x,dg,X){# y:dependent values (従属値列),x:descriptive values (説明変数),dg:degrees of polynomials (…
昨日の続き こちらで一問あたりの得点が異なる問題の合算で合格が決まるという試験の対策の話をしている 禁忌選択肢を有する問題などもあるという 試験理論とかマルチプルチョイス理論のようなものがあるかと思ったら、あまりこれと言ったものがない。想像し…
セミナースライド(こちら) 色々な観測量があって、統合して解析したい(オミックス層のデータ構成) データ構成の組み合わせはいろいろ 独立・関連、情報 分割表の場合 分散分析と分散と情報量 線形解析は、「遠近両用」 非線形解析は、「近のみ重用」 「近の…
こちらの続き 線形回帰と分散分析とで順序関係が等しくなる統計量のことをやっていた １元配置分散分析で２群のときは、線形回帰そのものだった １元配置分散分析で３以上の群のときは群内分散・群間分散の割り振り具合と群の数(もしくはそれより１つ少ない…
こちら(ヒストグラムと情報量)の続き これは、ヒストグラムを推定分布とみなして、その分布の情報量のこと、それと分割表の独立を仮定した生起確率・独立性検定統計量のことをメモした記事 最大エントロピー原理(Wiki)の記事にあるように「情報を得る前」の…
もう少し考える 情報が曖昧であるとき、何を指標にして、その情報を使うのがよいのか、と考える 今回のように「犯人探し」の場合には、「タイプが一致している」ことは「犯人である」ことの必要条件であって、十分条件ではない 十分条件ではない、ということ…
一件落着に思えた消しゴム事件、さらなる相談が入った 消しゴムに「●ちゃん♥」と書いてあったのは本当らしい 消しゴムのタイプというのは、音楽の先生からの情報らしいが、音楽の先生は消しゴムの種類について、ちょっとあやふや(キャラクター商品なのだが、…
事件の概要 こんな事件の相談を受けた 相談はこちらの「話題１」 全校の男子生徒数N人の学校で、全男子生徒にk種類の消しゴムが配られた k種類の消しゴムの個数の内訳はn1,n2,...,nkという その後、その消しゴムの落し物があった 「●ちゃん（女子）♥」と書か…
落し物である消しゴムのタイプはわかっているとする 容疑者の消しゴムタイプが確率的にわかっているとする 容疑者の消しゴムタイプが落し物消しゴムのタイプである確率をpとし、容疑者以外の候補者消しゴムが落し物消しゴムタイプである確率をqとする 今、容…
> opt.out $par [1] 5.271906 2.112786 5.655760 1.899040 $value [1] 0.1945089 $counts function gradient 205 NA $convergence [1] 0 $message NULL > opt.out2 $par [1] 13.855497 1.723488 19.658422 1.871615 $value [1] 0.1943919 $counts function g…
連鎖解析の構成家系が複数あり、家系ごとにローカスが異なるとき、全家系の原因ローカスの伝達を説明しようとすると、検出が難しくなる(Heterogeneity)。そんなとき、解析複数家系をsubsetに分ける工夫がある たとえばこの記事とかこちらとか プログラムは F…
As the cell counts of the contingency table are based on haplotype frequency estimates, rather than counts, the test statistic will not necessarily follow a chi-square distribution, because of the increased variance of the estimates. Genet…
