ARG

PCAの歪み

PLoS Geneticsの論文です。 A Genealogical Interpretation of Principal Components Analysis. by Gil McVean non-parametricに次元圧縮をする手法であるPCA,SVDからの情報を使って、コアレセントモデルにあてはめて推定する話し PCAとその親類であるSVD…

カタラン数

カタラン数の規則をそのまま使って、組み換えなしの配列変遷を抽象的に捉える カタラン数の規則を(たぶん)若干改変・拡張して、組み換えありの配列変遷を抽象的に捉える PDFリンク 日記内リンク

うすらぼんやり考えること

ARG

特にARG(アンセストラルリコンビネーショングラフ)に限ったことでもないように思うけれども、互いにがちがちでないゆるい関係は、ゲルとかゾルとかとして観測することになるのではないかと思う。ゲルやゾルの構成要素を物理的に観測していても、いつの間にか…

MutationString出力概要

VGJというグラフ理論用のアプリケーションが組み込まれており、その図として出力される 図はVGJのメニューバーから"File"→"Save"もしくは"Save As"として保存できる。保存したファイルは"File"→"Open"で再度図表示できる VGJによる図(グラフ) 入力ファイルの…

MutationString入手手順

京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センターのサイトよりjarファイル(実行可能形式ファイル)にてダウンロードします MutationStringアプリケーションのソースは、オープンソースアプリケーション"VGJ(GNU General Public License, Version 2*1 に基づく…

ARG推定手法の現況

Coalescentモデルを用いてハプロタイプARGを推定しそれを形質ローカスマッピングに応用する方法としては、基本的な統計遺伝学的手法を用いたいくつかの報告がなされている。 これらの手法は、ハプロタイプ伝達関係が形成するグラフの形状によって分類可能で…

MutationString実行手順

jarファイルからアプリケーションを起動(ファイルのダブルクリック)する "Menu"ウィンドウ 5つのボタン 第1ボタン"Start MutationString" 実行ボタン 入力ファイルを指定するための"Select a haplotype file"ウィンドウが立ち上がる 第2ボタン"Demonstrat…

MutationString概要

要旨 SNPでできたハプロタイプの親子関係を、中立仮説に基づいた点突然変異のみでParsimony論理によって決定論的に定められる範囲を定め、図示するツール 目次 入手手順(こちら) 実行手順(こちら) 出力概要(こちら) 概説 本アプリケーションの位置づけ Wrigh…

WF_ARGアプリケーション解説

アプリケーション公開先はこちら 目次 概要 入手手順 実行手順 出力概要 追記(11/16/2005)

グラフの基本は木

ARG

木のハンドリングの基礎の基礎。情報圧縮処理で用いる文字コードの2分岐木(Huffman木)表記に関する説明と、その木情報の格納形式とハンドリングに関する記事はこちら。同記事、および、グラフの縦型探索・横型探索のアルゴリズムについての記事でも参照して…

ARGをシミュレーションで作成する

まずは、既存の設定をなぞる。ひとつは以前書いた、Yang et al. の設定が参考になる(こちら)。もうひとつはここ数日ARG関係で引いている論文の設定である。関連記事はこちら。本記事では、こちらのパラメタ設定を記す。論文中には明示していないが、ARG作成…

2分岐木ARGのMCMC構築

Zollner et al(2005)の例 推定過程は着目点をはさんで左右両側で行う 変数 Neutral coalecent and recombination モデルを規定する変数 組換え率 変異率 これら2つの率はARG構築過程で不明な変数である ある位置におけるARGは2分岐木である(親ハプロタイプ…

ARG上の責任ローカスの位置の事前確率・事後確率

Zollner et al(2005)の例 前提 ある領域に多型マーカーが存在し、あるフェノタイプの責任ローカスを特定しようとしている その多型マーカーの位置情報が得られている この領域のマッピングをするにあたって、個人がおり、そのフェノタイプ情報が得られている…

Ancestral Recombination Graph

ゲノムDNAは祖先から子孫へと伝えられる。伝えるときに、組換えという現象があり、あるゲノムDNAは2つの親ゲノムDNAのモザイクとなることがあり、このようなときに子ゲノムDNAを組換え体(recombinant)と呼ぶ。組換えの影響を受けない場合には、…

Larribe et al. (2002)の論文

論文はこちら ベイズでARGを推定後、その樹に基づいて責任ローカスをシミュレーションベースで推定する

Fearnhead et al. (2001)の論文

論文はこちら ソフトウェアはこちら Full likelihoodでARGを推定後、その樹に基づいてMCMCでrecombination rateを推定する