次世代シークエンシングでは、たくさんの座位が何本のリードでカバーされたか〜デプス〜を問題にする このデプスがいくつになるかを、座位ごとに分布をとるときに、シンプルには、ポアソン分布を仮定する ポアソン分布を仮定するということは、全座位の読ま…

(日）英でネット上双方向性も意識した実習をする時間があったとする。次世代シークエンシングデータに関するものという制約があるとする ポアソンモデルについてハンズオンするのはどうだろうか 少し資料を集めておこう 資料1 資料2 資料3 資料4 資料5 資料6…

ウェット系の人とオミックス解析について考えるためのメモ（ドラフトpreziスライド(2015/07/14 生命科学研究科特論２コマ) 用）

スプライシング・バリエーションの評価に関して複数の方法をさまざまな尺度で比較しているペイパーこちら その尺度の詳細は、リンク先論文のサプルのさらにサプル・ノートの最後の最後の45ページ目に色々あります。 Alignment yield "We measured the propor…

「C++かCを覚えてみる？」という話になった 一からやってもよいけれど、多分、飽きてしまうし、Rと連携して使うことが多そうだから、Rcppを使うことを前提にC++を覚えてみる、例題は自分たちがRで書いているコードをC++化する、ということにする、というよう…

Rcppパッケージの基本、それをRstudioで扱うことの基本はわかった けれど、「素のC++」だけでは、ごつすぎて使いにくい。特に線形代数とか、いわゆる数値計算のためのベクトル・行列・アレイなどが使いやすくて、それの演算ライブラリがないとだめなので、Ar…

だいたいわかった。C++は速いが、ごつい。便利な関数もあるにはあるが、Rやpythonのようにきめ細かくない。…ということが もう一つ知っていることがある。自分はC++に慣れていないということ。→速くできるのかもしれないけれど、自分ができないなら、それは…

こちらをいくつかやってみる Try some in this page. Vector_Subsetting "vectorsubsetting.cpp"という名前で保存 Save below as "vectorsubsetting.cpp" #include <Rcpp.h> using namespace Rcpp; // [[Rcpp::export]] NumericVector positives(NumericVector x) { </rcpp.h>…

Rをインストール Install R Rstudioをインストール Install Rstudio RstudioのツールバーメニューからC++ファイルを新規作成、とすると、もしコンパイラとかの準備がまだだったらdevtoolsとかのインストールをするかどうか訊いてきてくれるので、それにした…

準備と動作確認 Preparation 練習 Practice 線形代数ライブラリを使う LinearAlgebra 自分のためにRcppを使ってみる

医学生物学分野におけるスタディの再現性の低さに関する資料 (1) The Economist記事によるオーバービュー (2) (1)が引用しているNature論文(癌創薬のpreclinical seeds) (6/53の再現率) (3) (1)が引用しているNature Reviews Drug Discovery 論文 (2/3は再現…

こちらに、トポロジー的に球面であるものに関する資料を置いた 雑多な感じがするが、どういうつながりなのかと考える 常微分方程式は、ある連続変数tが１個あって、複数の要素X1,X2,...がtの関数になっていて、Xiのtに関する変化(増減)がXi同士、Xiのt微分同…