分類・呼称 MicroscopicとSubmicroscopic Microscopic(顕微鏡で観察される) 形態の違い Aneuproidies(異数性) Rearrangements(転位) 染色体サイズバリエーション 第２次狭窄(secondary constriction) 末端動原体(acrocentric chromosome) 染色バンド像の違い…

Nature Reviews Genetics 7, 537-551 (July 2006) Genetic defects in the human glycome Hudson H. Freeze 糖鎖代謝異常で糖鎖抗原に対する自己抗体も・・・

Nature Reviews Genetics 7, 577-584 (July 2006) Opinion: First among equals: competition between genetically identical cells Anupama Khare and Gad Shaulsky

Rassoulzadegan, M. et al. RNA-mediated non-mendelian inheritance of an epigenetic change in the mouse. Nature 441, 469–474 (2006)

概説 Nature Reviews Genetics 7, 475-482 (June 2006) Opinion: The principles of guiding by RNA: chimeric RNA–protein enzymes Alexander Hüttenhofer and Peter Schattner 新クラスMIWI,MILI Aravin, A. & Gaidatzis, D. et al. A novel class of smal…

Fisher, S. et al. Conservation of RET regulatory function from human to zebrafish without sequence similarity. Science 23 March 2006

硬いエピジェネティック遺伝とやわらかいエピジェネティック遺伝。やわらかいほうは、環境要因などで変化しうる。 Nature Reviews Genetics 7, 395-401 (May 2006) Opinion: Inherited epigenetic variation — revisiting soft inheritance Eric J. Richards…

リーシュマニア症のマウスモデルで特定された感受性遺伝子は、疾病初期のリスクをもたらすもの、疾病後期のリスクをもたらすもの、リーシュマニア症以外の感染症感受性とオーバーラップするものなどから構成され、その数は20を越える。 感染症感受性遺伝子、…

転写因子の結合度(wet)をもとにエンハンサー領域・エンハンサー配列を同定するin silico手法Hallikas, O. & Palin, K. et al. Genome-wide prediction of mammalian enhancers based on analysis of transcription-factor binding affinity. Cell 124, 47–59…

スプライソソームと進化 Nature Reviews Genetics 7, 211-221 (March 2006) The evolution of spliceosomal introns: patterns, puzzles and progress Scott William Roy and Walter Gilbert オールターナティブスプライシングと進化 Alternative splicing a…

１次元は、１本の配列としてのゲノム上のアイテムの登録とそれについての属性標記 ２次元は、ゲノム上に配されたアイテム間の相互作用 ３次元は、ゲノムの立体構造を反映してゲノム上の位置同士の相互作用を反映 ４次元は、３次元立体構造の時間的変化を考慮…

羊の3'UTR SNPがmiRNA標的を壊すことで機能性多型となっている Clop, A. et al. A mutation revealing a potential illegitimate miRNA target site in the myostatin gene is a quantitative trait nucleotide with major effect on mascularity in sheep. …

常染色体との違いを総説 Nature Reviews Genetics 7, 645-653 (August 2006) Evolution on the X chromosome: unusual patterns and processes. Beatriz Vicoso and Brian Charlesworth 精子と卵子では成熟配偶子ができるまでの細胞分裂数が異なり、それが変…

幹細胞は、多くの細胞を再生産する控えの細胞であり、この細胞の体細胞変異はその娘細胞集団のDNAすべてに引き継がれるため、より安全に保存されていることが望ましい。実際に生物がそのような機構をもっているかという話し。幹細胞の分裂にあたり、DNAの１…

生物の適応機構をモデルにした遺伝アルゴリズムは、遺伝学・生物学以外の問題解決手法・最適化課題などに用いられてきた(関連記事はこちら)。昨今の遺伝学・分子遺伝学の進展とそれに基づく進化・種分化知見に基づいて遺伝アルゴリズムを改変する、という視…

Primates gene expression 比較を中心にDNA配列進化と対比しつつ発現プロファイルの違いを総説 Nature Reviews Genetics 7, 693-702 (September 2006) Evolution of primate gene expression. Philipp Khaitovich, Wolfgang Enard, Michael Lachmann and Sva…

線虫の遺伝子相互関係マップから、遺伝子ネットワークの制御に重要な役割を果たすハブ遺伝子の存在が示唆された。ヒトを含む、高等生物にもハブ遺伝子の存在は予想され、その中には進化的に保存されている模様。複数の遺伝子の関連をネットワーク上でまとめ…

エンハンサーの効果を失効させる(Insulation(( Nature Reviews Genetics 7, 703-713 (September 2006) )))RANiの作用が、複数遺伝子の協調制御を通して役割を果たしている模様。 Lei, E. P. & Corces, V. G. RNAi machinery influences the nuclear organiza…

嗅覚細胞の嗅覚レセプター選択は確率的に起こるが、全体として『嗅覚』を構成するためには制御がある(はず)。単一trans-acting enhancerが複数の嗅覚レセプター遺伝子の発現を確率的に活性化しているようだ。その他の系にも同様の機構がある可能性有り(可能…

RNA geneで進化変化が顕著でヒト脳発現に特徴付けられる遺伝子HAR1。RNA遺伝子の役割の大きさ・多様さを示唆する。 Pollard, K. S. et al. A rapidly evolving region in the human genome is an RNA gene expressed during early neocortical development. …

コホートスタディの特徴とゲノム戦略の立場からのコホートスタディをかいつまむときに。 Genes, environment and the value of prospective cohort studies. Teri A. Manolio, Joan E. Bailey-Wilson and Francis S. Collins Nature Reviews Genetics 7, 812…

Genetic relatedness analysis: modern data and new challenges. Bruce S. Weir, Amy D. Anderson and Amanda B. Hepler Nature Reviews Genetics 7, 771-780 (October 2006) IBD IBSと血縁関係とからベイズで計算 集団における、個人間の遺伝的関係 IBSと…

At a glanceとして、A tutorial on statistical methods for population association studiesDavid J. Balding. Nature Reviews Genetics 7, 781-791 (October 2006) こちら

Structural variations Insertions and Deletions Mills, R. E. et al. An initial map of insertion and deletion (INDEL) variation in the human genome. Genome Res 10 August 2006 Genome Research 16:1182-1190, 2006 検出数400,000 Ins/Dels in human…

既知の遺伝子領域の間からのTranscripts Khaitovich, P. et al. Functionality of intergenic transcription: an evolutionary comparison. PLoS Genet. 28 August 2006 少ないながら、多くのIntergenic 領域からのTranscriptsが検出される 割合は低いが、Ex…

A gene-centric approach to genome-wide association studies Eric Jorgenson and John S. Witte. Nature Reviews Genetics 7, 885-891 (November 2006) マーカーの配置 選び方 Quati-random or anonymouos SNPs LD-based tag SNPs 配置の仕方 Map-based Ge…

Global gene expression Genome-wide gene expressionを使った、遺伝子マッピングのレビュー Genetics of global gene expression Matthew V. Rockman and Leonid Kruglyak. Nature Reviews Genetics 7, 862-872 (November 2006) 実験技術と発現量の評価法に…

Speciation 種分化、種定義の現況レビュー Speciation genetics: evolving approaches Mohamed A. F. Noor and Jeffrey L. Feder. Nature Reviews Genetics 7, 851-861 (November 2006) Reproductionに関わる遺伝子が染色体上で位置を変えると不妊となり、種…

"Methylome" Zhang, X. et al. Genome-wide high-resolution mapping and functional analysis of DNA methylation in Arabidopsis. Cell 126, 1189–1201 (2006) Alabidopsis thalianaのゲノムワイドメチレーション解析 全ゲノムの19%がメチル化 セントロメ…

Spencer, C. C. A. et al. The influence of recombination on human genetic diversity. PLoS Genet. 2, e148 (2006) GC-contentなど配列上の特徴と変異率・組換え率の相関のみでも、局所的な配列多様性は説明できる可能性があり、適応・淘汰といった要素の…