2010-04-01から1ヶ月間の記事一覧

入れ子

原点Oを中心としたk次元の単位球Aがある Aの表面の1点と Aの表面の任意の点とを考える 今、OQ上に点Q'をとり、OQ'の長さを、ただし、は角POQとする ベクトルの内積からであるので Q'がどのような図形になるかを考える のとき、 Qがとなるようなとき、 OPの…

点の座標変換と法線ベクトルのそれ

いま、k次元空間のk本の正規直交軸をそれぞれ倍することを考える なる点の座標はと変換される 次に、k次元空間の面なる面を考える 法線ベクトルがあって、面の上の2点を結ぶベクトルはこのと直交する この面は、第i番軸の切片がであり、のような軸とは平行…

均等に分布させる(NxM表に拡張)

7日目。...一昨昨日、一昨日と昨日(記事はこちらとこちらとこちらとこちらとこちらとこちら)の続き NxM表の観測値と期待値との差を成分とする行列は、すべての行の和が0、すべての列の和が0。 (N-1)x(M-1)次元空間にNxMを配置することになる。 その座標の出…

多次元球ベースで2xM表の重み付け検定処理を書く

6日目。...一昨昨日、一昨日と昨日(記事はこちらとこちらとこちらとこちらとこちら)の続き 2xM表のM-1自由度の独立性検定カイ自乗値が等しいテーブルが多次元球をなすようなM=df+1次元ユークリッド空間を考える (は第1行第i列のセルの値とその期待数との差…

特定の2xMピアソンカイ自乗値を取るテーブルをランダムに作る

5日目。一昨昨日、一昨日と昨日(記事はこちらとこちらとこちらとこちら)の続き 多次元球面上に均一分布を発生させることはできるので、ピアソンのカイ自乗値の式をM軸に伸縮させてやることで、特定のカイ自乗値をとるテーブルを多次元球面上の点とすること…

等分するベクトル2

4日目。一昨昨日、一昨日と昨日(記事はこちらとこちらとこちら)の続き を満足する均一分布を発生させる そのうち、(周辺度数制約空間で原点を通っている)を満足させる点のみを考えたい df+1次元球面上の点から、周辺度数制約空間に垂線を下ろす 球面の点を…

多次元球・カテゴリカルデータ(その2)

等分するベクトル

一昨日と昨日(記事はこちらとこちら)の続き かつなる乱数を発生させる 自由度がdfなので、df次元球表面の一様分布から、その点の座標を発生させた後、それを、df+1本のdf次元空間を等分するベクトルへの足としてdf+1個の値の組を作る df<-10 d<-df+1 diagval…

等分するベクトル

この頃の話題(記事はこちら)のベクトルをRで作る カテゴリ数nc(自由度=次元=df) 実行はこちらでも CategoryVector<-function(nc=3){ df<-nc-1 d<-df+1 diagval<-1:d diagval<-sqrt((df+1)/df)*sqrt((df-diagval+1)/(df-diagval+2)) others<--diagval/(df-(0:…

多次元球の極座標

『球面上の代数的組み合わせ理論』第2章 球面上の積分 p23 (シュプリンガー・フェアラーク東京) 球面上の代数的組合せ理論 (シュプリンガー現代数学シリーズ)作者: 坂内英一,坂内悦子出版社/メーカー: シュプリンガー・フェアラーク東京発売日: 1999/09メデ…

一様分布の発生@多次元球面

多次元球hypersphere上の一様分布は、ウィキペディア(こちら)には、2通りのやり方が紹介されている。 多次元正規乱数を発生させて、その点を基準多次元球面上に投影する 多次元一様乱数を発生させて、そのうち、多次元球の内部の点のみを採用して、それの基…

多次元球面上の一様分布

駆け足で読む『Chapter 43 Forensics in Handbook of Statistical Genetics』

43章 Handbook of Statistical Genetics作者: David J. Balding,Martin Bishop,Chris Cannings出版社/メーカー: Wiley-Interscience発売日: 2007/10/01メディア: ハードカバー クリック: 16回この商品を含むブログ (5件) を見る イントロダクション DNA配列…

オープンソース

SourceForge.JP はオープンソース・ソフトウェアの開発&ダウンロードサイトです こちら

Cox Proportional-Hazards Regression for Survival Data

Rのpackage は "survival" 解説PDFはこちら このページの末尾のようなテキストファイル"survivalData.txt"(WeeksToOnset(発病までの期間、もしくは、censoring time(打ち切り時間)と、1個のSNPのディプロタイプと別の0/1変数) こう実行 library(survi…

生存曲線をRで描いてみる

速効R

R

とにかく、Rに関してゼロのヒトに実演しながら、Rを見せる Rでやりたいことが何であるかは不明な相手を想定 したがって「統計」的部分はすべて割愛 なんとか使い始めてみるための指南 使い始めてみる段階とは言え、関数の自作や、処理の詳細のコード上確認な…

京大統計遺伝学分野講義等資料へのリンク(2010年度)

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