5.1 基本事項の復習 パーミュテーションテストでは、全パーミュテーションを調べる場合と、モンテカルロで分布を作る場合とがある。前者では、観測データの正確なパーセンタイルがでる。後者では推定分布がでる。棄却水準を考えるとき、前者では、棄却水準を…

4.5 複数の標本(n)があり、それらの違いはないものとできるとき、それぞれの標本に複数の観測(k)がなされて、n x k 行列状のデータが得られている。これについて、ｋ変数は偏りがないことを示したいとする。具体的には、ある測定量について経時データをとり…

4.4.1 分割表は、そのままだと、パーミュテーション処理に向かないので、unit-by-unit(１サンプルずつ）が帰属カテゴリを持つようなデータにしたうえで、サンプルについてモンテカルロパーミュテーション処理をする 4.4.2 スコアづけによる検定 カテゴリには…

C>=２群のすべてが等しいか、そうでないかの検定 全nデータが、個ずつC群に分かれている。 パーミュテーションは通り 統計量としては、がわかりやすいが、それとpermutationally にequivalentな統計量はがある。また、one-way ANOVAで用いるFもT,Sと１対１の…

4.1 イントロダクション 対象となるのは、(１)２群の平均や位置の比較、（２）one-way ANOVA、（３）goodness-of-fit fir irdered categirucak varuabkes、（４）without-interaction two-way ANOVA 4.2 ２群の平均値の差の検定 全部で20人のデータ。２群に…

3.1 Introduction 3.1.1 定義など 単一変数が、連続量をとるものとする。観測サンプル数nの次元のユークリッド空間を張る。ある『実験』が、要素数nのの観測データセットをもたらし、そのXは、データセットが張る空間中の点をPermutationで取りうる点として…

2.0.0 帰無仮説は、統計量としてどういうものを選ぶかを定め、対立仮説は、統計量がどうなっていたら、確率的に起こりにくいと判断するべきかの情報を与える 2.0 サンプル数20の対応のある観測データでの例 各種検定(permutation testを含む)で算出してみた(…

その１第１章 イントロダクション その２第２章 単純な検定問題 その３第３章 １標本パーミュテーションテストの理論 その４第４章 多標本１変数パーミュテーションテストの例 その５第４章(２) One-way ANOVA 多標本１変数パーミュテーションテストの例 そ…

1.1,1.3 パーミュテーションテストとは 複数データについて、ノンパラメトリックに仮説検定を行う手法 母集団の確率密度分布についての情報が不要 パラメトリック手法が前提としている、変数の独立性や、データ数の下限、サンプリングのランダム性などのいく…

グラフの実装表現 接続行列表現 行に点、列に辺をとり、点が辺の端点なら１(始点なら１、終点なら−1)、そうでなければ、０ 必要領域：O(点の数ｘ辺の数) 隣接行列表現 行と列に点をとり、点のペア間に辺があれば１、なければ０。向きを考慮するときは辺があ…

変数次元とそのダミー変数化について整理している。１次元空間でマッピングをするということは、１次元の座標について最高点を出す点を見つけることになる。通常の(重)回帰分析などでは、変数次元について一様増加、もしくは一様減少を基準に計算を組む。マ…

要素数n個の集合がある。その部分集合はあることは、昨日の記事の通り。今、さらに、要素数k個の部分集合を２、３、…、k群に分割することを考える。 要素数２の場合には、２群に分ける場合のみがあって、それは{(1),(2)}の１通り 要素数３の場合には、２群に…

集合の部分集合はべき集合として、相互に要素の持ち合い関係を有する。要素数nの集合のべき集合(部分集合の集合)はもとの集合そのものと空集合とを併せて、個。これらの関係は束になっており、そのグラフ表現はこの通り(要素数６の場合)。 束については、駆…

グラフにおける閉路とカット 閉路はぐるっと一巡するタイプのグラフ 定義としては、点と辺を交互にたどってもとの点に戻ってくるような点と辺の集合である。ただし、このとき点と辺はそれぞれ１度ずつしか使用しないし、１度は使用するものとする。 カットは…

量子力学では、系が状態にある。状態は、複数の取りうる状態の重ね合わせである。取りうる状態は離散的である。状態には、複素数を対応させて、と書く。状態をとる確率がであり、となる。 複素数で表すことができるということは、相互に依存する２つの現象が…

商用アプリケーションのStatisticaの少し古い版での実行を前提にしています 参考文献はこれ A unified stepwise regression procedure for evaluating the relative effects of polymorphisms within a gene using case/control or family data: application…

今、n個のカテゴリからなる変数Nがある。m個のカテゴリからなる変数Mもある。この２変数N,Mについて、NxM分割表を作成してすべてのカテゴリが独立であることの検定は、(n-1)x(m-1)であることは、よく知られていることであるが、それは幾何学的にはどういうこ…

書き終わるかどうか、不明な書きかけ(今月の宿題) 予備項目 カテゴリカル変数の次元についてのメモ(こちら) 変数の数 関連解析を想定する 量的変数は次元１の変数とする(量的変数には、順序のあるカテゴリ変数を含める) カテゴリカル変数は、複数のカテゴリ…

メモファイル(こちら)

質問の状況 hoge.ped, hoge.infoファイルを読み込ませている LDがブロックになっておらず、ハプロタイプの推定がされない 個々のSNP自体はまともなコールであり、あしきりされていない 対策 infoファイルで与えたSNP間距離が遠すぎませんか？ ブロック内とみ…