public static double[][] CaseContFrac(double af,double f,double prev,double[] risk){ double[][] ret=new double[2][3]; double p=af; double[] total={ p*p+p*(1-p)*f,2*p*(1-p)*(1-f),(1-p)*(1-p)+p*(1-p)*f }; double[] ca={total[0]*risk[0],total[…

こんな本が出るそうです。 オンリ−ワン・ゲノム ― 今こそ「遺伝と多様性」を知ろう 鎌谷直之 吉田のりまき【編】 星の環会 （2009/07 出版） A5判 ISBN： 9784892944819 価格： ￥1,575 (税込)

今、人をグループに分けることを考える。グループの所属メンバーの数は0人でもよいものとする。その人数配分のとり方は 通り 考え方１ ******|*********|***|*****|************* 人をグループに分けるとき、その人数配分は、本の区切り線を個の印の列に入れ…

３つの相互作用評価指標 参照文献へのリンクはこちら On the Estimation of Additive Interaction by Use of the Four-by-two Table and Beyond by Guang Yong Zou RERI: Realtive excess risks due to interaction AP: Attributable proportion due to inte…

対立仮説があると、それに合致する分割表が作れる。その分割表から算出されるカイ自乗統計量は、非心カイ自乗分布の最も高確率で観測される値である。 他方、非心カイ自乗分布は、自由度と平均-自由度、をパラメタとする分布である。最も高確率で観測される…

Ｒでのプロット d=4 y=20 df=rep(d,y) byb=1 ncp=seq(from=0,to=y,by=byb) cols=c(heat.colors(y+1)[1:y+1] ) lw=4 x=seq(0,y*2,length=700) plot(x,pchisq(q=x,df=df[1],ncp=ncp[1]),type="l",lwd=lw,col=cols[1],xlab="",ylab="",ylim=c(0,1),cex.axis=1.5…

非心カイ自乗分布は、いわゆる「普通のカイ自乗分布」の拡張分布であるので、まずは「普通のカイ自乗分布」についてのおさらい。 「普通のカイ自乗分布」は独立なk個の平均0、分散1の正規分布に従う変数があったときに、その平均からのずれをk次元ユークリッ…

※ 少し拡張して、こちらに書き直しました。 RはもともとCとFortranのつぎはぎで作られたソフトなので，Fotranで書かれた関数群がいたるところに点在しているということを2009年2月22日の記事に書いたが、そこに、 『Ｒのソースファイルをダウンロード /src/a…

PCAを用いたEigenstratにより、サンプルの遠近関係を分析することがある。そのときに、LDが強いマーカーは、解析全体に影響を及ぼすので、強いLD関係にあるマーカーを組み込みすぎないようにするオプションがある。その方法を友人に教えてもらった src/eigen…

主成分分析で個人間の遺伝的遠近関係を評価し、それをプロットすることがある。主要２軸で十分に表現できることもあるが、それだけだとよく分からないこともある。 そんなときには、３軸が作る３つの２次元プロットを見較べるのも手であるが、３軸目の情報を…