講義内実習

CategoryVector<-function (nc = 3){ df <- nc - 1 d <- df + 1 diagval <- 1:d diagval <- sqrt((df + 1)/df) * sqrt((df - diagval + 1)/(df - diagval + 2)) others <- -diagval/(df - (0:(d - 1))) m <- matrix(rep(others, df + 1), nrow = df + 1, byr…

SNPのディプロタイプ頻度をとして表したときに、観察３ディプロタイプ人数を用いてその対数尤度はと表される HWEを仮定すると変数fは0に固定することになるので、変数はpのみ HWEの仮定とHWDの仮定では変数の個数が２，１と、その差が１。このためHWE検定の…

カテゴリ数nで次元数kの高次元立方体分割表にて、k次元別に観測がなされたとする。そのときの自由度は

今、カイ自乗値がyのとき、自由度dの棄却検定を行って、タイプ１エラーがaであるとなるとする。 Rの関数を使えば、 a<-pchisq(y,d,lower.tail=FALSE)という関係である。 今、aとdが与えられているときに、yを求める関数もRにはあって、 y<-qchisq(a,d,lower.…

関連記載はこちらの『バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(2007)』