Mann-Whitney

検定各論

SNP,CNPによらず、ジェノタイプ一般のこと 質的形質・量的形質によらず、形質一般のこと すべての場合に通じること ジェノタイプとフェノタイプとの間の関連・相関を調べる ジェノタイプは、カテゴリカルデータである ジェノタイプカテゴリに順序を考慮しな…

CNV検定(2)

この記事はこちらの記事の続き。 今、コピー数アレルがある。 ディプロタイプが確定できるとき、ジェノタイプは。ディプロタイプが確定できず、保有コピー数が確定できるとき、ジェノタイプは。ケース・コントロールの2群で、このジェノタイプ分布に差があ…

CNV検定

CNV多型についての論文メモと、CNV多型のケースコントロール関連検定についての現状をまとめた(記事はこちら)。 おおまかに言って、6、7年前のSNP2x3分割表検定の頃と同じ事情のようだ。 とりあえず、ケースコントロールデータを発表するにあたり、ひと…

CNVを駆け足で眺める

リストアップした論文へのリンクは こちらから1. Aitman, T.J. et al. Copy number polymorphism in Fcgr3 predisposes to glomerulonephritis in rats and humans. Nature 439, 851-5 (2006).CNVと疾患形質との関係は、コピー数について、ケース・コントロ…

第4章(3)Goodness-of-fit (分割表検定) 多標本1変数順序のあるカテゴリカル変数のパーミュテーションテストの例

4.4.1 分割表は、そのままだと、パーミュテーション処理に向かないので、unit-by-unit(1サンプルずつ)が帰属カテゴリを持つようなデータにしたうえで、サンプルについてモンテカルロパーミュテーション処理をする 4.4.2 スコアづけによる検定 カテゴリには…