遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売日: 2010/09/04メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 7人 クリック: 155回この商品を含むブログ (38件) を見る この本はこのブログに書き散らしたことを…

オーム社さんが『遺伝統計学の基礎』PDF版を発売していた！(こちら)

こんなコメントを、このブログからできた本にいただいた 関連事項を調べながら、本のRのソースの中身を変えながら、読まれたそうだ 端的に言うと、「わかりにくい」ということだ 「わかった気にはなる」ともコメントされている それが意図だったから、最高の…

こちらに本の紹介記事がある 「読むべき理由」と題されていて、「べき」なのかどうか…とは思うけれども、「今更ながらに納得させられる」指摘・記述があったので、引用させていただくことにする 『目的・意義ベースの説明』をしている 確かにそうだった 『新…

こんなコメントを、このブログからできた本にいただいた 大量データ科学時代の「遺伝」学の解析を勉強するのに、どこから、どう攻めるのがよいかは、画一的なアプローチがない(と思う)ので、難しい ３大分野別では： 分子生物学・分子遺伝学それ自体が、かな…

関連記事 日程 第１限 20110629 概論・参加者紹介・内容枠決め スライド(こちら) 第２限 20110706 第３限 20110713 第４限 20110720 第５限 20110727

コンセプトはこちら(京大研究科横断型教育プログラム(生命 B)2011) １コマ目 参加者確認 参加者の背景と興味を確認し、２−５コマ目の内容を決める 構成 遺伝疫学に軸足を置いた統計遺伝学の簡単な概要説明(自分の背景紹介) 統計遺伝学の遺伝学・統計学・数理…

医学部大学院修士というのは、生物寄りの学生構成である 医学医学していない １時間で、「統計遺伝学として意味のあること」を話し、しかも、専攻するわけではないときに、「学生の修士期間にとって」意義があるように話すことが目的 「統計遺伝学」的という…

ひとつの仮説に複数のスタディ とりまとめる必要 メタアナリシス ひとつの仮説に複数の評価時点 とりまとめる必要？ 打ち切る必要？ 共用サンプル？ ほとんど全数サンプリング？

マルチプルテスティング ある程度ポジティブ 基準とする分布 分布に照らす 照らす分布を作る 分布は仮定に基づいている

多くのフェノタイプ フェノタイプの組み合わせ フェノタイプの不均一 フェノタイプの階層構造 フェノタイプのネットワーク構造 オーバーラップするフェノタイプ

多くのジェノタイプマーカー すべてはマーカー 識別可能なマーカー 多くのジェノタイプマーカーは不均一 独立でないことを「不均一」と呼ぶ？ 連鎖と連鎖不平衡

多くのサンプル 多型を用いた解析のサンプル数の現況はどれくらいか 母集団の大きさはどれくらいか サンプリングはどう行うか ランダム・サンプリングか、そうでないか 多くのサンプルは不均一 適当なサンプルセットとは 「不均一」なサンプルセット 「不適…

こちらに構成プラン こちらに実施ログ(未稿) 統計遺伝学・遺伝統計学は、生物学であるけれど、医学領域でも実施している 医学領域での統計遺伝学・遺伝統計学と、生物学領域でのそれらとは、何か違うだろうか、という視点で以下の項目を考えてみる きっかけ…

分布 広がり具合 地表面上の分布 多次元の分布 もう見えない 複雑な分布・高次の分布を、取り扱いやすい分布を部品として取り扱い安くする １次元の分布 正規分布と指数分布 色々な分布 この図の元サイトはこちらから 分布を扱う色々な道具立て 確率密度関数…

遺伝学とグラフ 系統樹というグラフ 家系図というグラフ グラフとは 頂点と辺でできる 対象と対象ペアの関係 染色体のグラフ Ancestral Recombination Graph アレルのグラフと染色体のグラフと交叉・組み換え ディプロイドのグラフ 分岐木とループと近親交配

一方的に「悪」ではない 例 マラリア抵抗性遺伝子とサラセミアやその他の赤血球遺伝性疾患 「節約遺伝子」と糖尿病 多型のアレル 感受性アレルと防御性(抵抗性)アレル

単一の尺度で疾患を定義 高脂血症 ２つの尺度で疾患を定義 肥満症・肥満度 身長と体重 たくさんの尺度で疾患を定義 「診断基準」 RAの場合 ●腫脹関節に関するもの ■ NL 腫脹大関節数 ■ NS 腫脹小関節数 ●血清自己抗体に関するもの ■ RF リウマトイド因子(陰…

型 カテゴリ型 順序あり 順序なし ２値 連続型 多次元 ベクトル 尺度間の関係 グループをなす 排他的 共存的 階層構造をなす 親子関係 尺度の空間配置 カテゴリ型 独立か非独立か 直交関係 正単体関係

アナログデータをデジタルデータとして取り出すとき 胸部X線写真の読影を体系的に行うこととして、その読影による読み取り情報の量と質を評価する基準は置けるか、おけるとしたらどう置くか たとえばこんなマニュアル たとえばこんなマニュアル化 どんな『視…

治療とは 医学的に望ましくない状態から医学的に望ましい状態への変化を促す介入 薬 薬は食物ではない 薬と食物の違い いつも摂取するか、いつもは摂取しないか 平時か非常時か 安全性の検証歴が長いか短いか 消化・吸収・代謝か、吸収・解毒・排泄か 毒とし…

遺伝性・遺伝率 家族集積性 再発危険率 de novo 変異：遺伝しない個人差

生理的多様性と病的多様性はそもそも存在するか 片方だけ存在する 両方とも存在する 両方とも存在するとして 質的な違いか 量的な違いか どちらでもないか、どちらでもあるか 質的な違い、さてどんな？ 量的な違い、さてどのくらい？ どのように？ 違いはデ…

何から逸脱するか システムバイオロジー的視点から(参考：こちら) 安定した系からの逸脱 センサー型転写調節ネットワークからの逸脱（？） 決められたコースからの逸脱 発生転写ネットワークからの逸脱（？） 時間の要素 , 静的:異なる状態に固定しているこ…

ジェノタイプとフェノタイプだけに分ける ジェノタイプ以外はフェノタイプ オミックスと階層的フェノタイプ バイオマーカーというフェノタイプ 診断基準というフェノタイプ

遺伝 変異・組み換え・遺伝的浮動 変異率 次世代に伝わる割合 遺伝的浮動 連鎖 連鎖不平衡 ハプロイドの多様性 変異距離とハミング距離 種間多様性と種内多様性 組換え距離 ディプロイドの多様性 優性・劣性 相加・相乗 組み合わせ効果