2x3のSNP関連テーブルがあるとき、帰無仮説に基づいて、その正確生起確率を計算することは可能(周辺度数が与えられたときに置きうるすべてのテーブルについて) 起きうるすべてのテーブルについて、その生起確率の大小によって順序を定め、「観測テーブルと同…

こちらから ２アレル多型の正確HWE検定はこちら（これは21世紀になってからAJHGに発表されたものだったはずだが） 多アレル版が1995年のGeneticsにあったようだ(こちら)

正確確率検定が自由度の増大とともに重くなることをRのfisher.testを使って実感するためのコード #行列を作る m<-matrix(c(10,20,30,40,50,60),nrow=2,nrow=3) m #作る行列の値の納め方を変える m<-matrix(c(10,20,30,40,50,60),nrow=2,nrow=3,byrow=TRUE) m…

public static double PrRatioChiPrExPrAllDF(double[][] d){ int df=(d.length-1)*(d[0].length-1); System.out.println("df=\t"+df+"\t"); //(ExPr/ChiPr) double ret = 1; double chi=Chi.chi(d); if(chi!=0){ double chiPr=0; double expr=0; double chi…

正確確率検定では、表の生起確率を「正確に計算」して、「正確に比較」することが重要なことを、以前、こちらにあるように述べた。 このとき、表を構成する、整数の順序に注意して計算し、比較すれば、よい、との趣旨でそれを実現する方法について述べたが、…