こちらの2013/02/13の勉強会で対立仮説を設定しパワーを定めること、さらには、帰無仮説と対立仮説についての事前確率を設定することで、陽性(帰無仮説が棄却されること)結果のときに、対立仮説が真である確率などについて勉強した その一環として、成り立つ…

やっつけ仕事でGC補正をしたいとき。 public class gC { public double lambdaori; public double lambda; public double[] correctedPs; public static double chimedian = 0.454936425; public double minpOri; public double minpCorr; public double min…

あるp値がある。それに相当する自由度１のカイ自乗値をcとする。Genomic control 補正項にて補正したあとのカイ自乗値をc'(とし、それから得られるp'を補正後p値とする。今、同様にp値から、z検定(正規分布検定)のz統計量が得られる。zとする。今、適当な補…

Allelic associationとは、あるサンプル集合について、２箇所の多型のアレルの間に相関があることを言う。一般集団においては、連鎖不平衡による相関もあり、これはDNA上の物理的距離との関係が強い。また、集団に構造がある場合には、構造の存在によりAllel…

１２月２７日の記事で、互いに近い亜集団のSNPアレル頻度をfを用いてシミュレーションすることを書いた。 隔離された期間のあるような亜集団間では、このシミュレーションだけではうまく行かない。たとえばHapMapプロジェクトで見られるアジア２民族(日本人…

Genomic controlは構造化のある集団において得られる統計量を、その集団において観測する多数の帰無仮説OK仮説からの統計量の分布を用いて補正するという考え方で、ここ数週間のこの日記の主要テーマの１つとなっている。 さて、簡単に言うと、構造化の影響…