量子力学で生命の謎を解く作者: ジム・アル-カリーリ,Jim Al-Khalili,ジョンジョー・マクファデン,Johnjoe McFadden,水谷淳出版社/メーカー: SBクリエイティブ発売日: 2015/09/16メディア: 単行本この商品を含むブログ (8件) を見る 目次 １ はしがき ２ 生…

シリーズの目次 --- title: "Differentiate Matrix Formula 線形代数式を微分する" author: "ryamada" date: "2016年12月27日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_c…

シリーズの目次 --- title: "Differentiate Matrix Formula 線形代数式を微分する" author: "ryamada" date: "2016年12月27日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_c…

シリーズの目次 --- title: "Best answer with Matrix: Moore-Penrose Pseudo-inverse 行列で最善の解: ムーアペンローズ疑似逆行列" author: "ryamada" date: "2016年12月27日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ``…

シリーズの目次 --- title: "PCA with Matrix 行列でPCA" author: "ryamada" date: "2016年12月24日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_chunk$set(echo = TRUE) li…

今年も残すところ１週間あまり 例年のNature reviews geneticsを振り返るシリーズはもう少し押し詰まらずに書けていたけれど、今年は気が急くことも多く、ふと気が付けばクリスマスイブ… どこまでできるかわからないけれどやってみよう まずはタイトルとアブ…

シリーズの目次 --- title: "Systems of Linear Equations with Matrix 行列で連立方程式" author: "ryamada" date: "2016年12月24日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr)…

シリーズの目次 --- title: "Least Squares with Matrix 行列で最小二乗法" author: "ryamada" date: "2016年12月23日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_chunk$se…

シリーズの目次 --- title: "Properties of matrices 行列の特徴" author: "ryamada" date: "2016年12月22日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} library(knitr) opts_chunk$set(echo = …

シリーズの目次 --- title: "Transformation with matrices 行列で変換" author: "ryamada" date: "2016年12月19日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TR…

シリーズの目次 --- title: "Calculation with matrices 行列で計算" author: "ryamada" date: "2016年12月18日" output: html_document: toc: true toc_depth: 6 number_section: true --- ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)…

統計遺伝学分野で講義・演習形式で学ぶことを分類すると いわゆる、検定・推定、ベイズ いわゆる統計的学習 大規模推定・マルチプルテスティングっぽいこと それを支える数学 線形代数 微積(学部１回生向けの微積のための微積応用を2017年度に補助教材として…

行列で計算 行列で変換 行列の特徴(分散共分散行列、正定値) 行列で最小二乗法 行列で連立方程式 行列でPCA 行列で最善の解 最小二乗法のための微分(補足資料) どうしてBLAS,LAPACK

目次 分布は点である フィッシャー情報量のいろいろ 双対平坦、双直交、双対座標系 指数型分布族と双対座標系 KLダイバージェンスと双対座標系

微分積分には大事な概念がたくさんあるが、そこから入ると普通の微積の学び方になってしまう(それでももちろん良いのだろうけれど)ので、統計遺伝学のいつどこでどう使うのかを扱うこととし、そのトピックごとに必要な概念を覚えることにする。理解のために…

一般的な関係式がある 指数分布族の自然パラメタ表現でのポテンシャル関数によって定まる ミスプリ？？？要、確認

指数型分布族は便利 情報幾何で便利 ただし、複数の正規分布の混合とかが合わないので、不便 と書ければよいのだから となるような式を見つければよいのでは… としてを取ることにすれば、結局、確率密度関数の対数をとって、それを多項式近似すればよいので…

メモ blog <- read.table("blog.txt",col.names=c("統計遺伝学","応用数学")) ryamada.two <- ts(blog, start=c(2005,1), end=c(2016, 11), frequency=12) plot(ryamada.two,plot.type="single",col=1:2) ryamada22 <- ts(blog$統計遺伝学, start=c(2005,1),…

暫定Rmdファイル(ただし、更新されない可能性が大) 私のための情報幾何: 情報幾何 二重平坦と計量作者: ryamada発売日: 2016/12/02メディア: Kindle版この商品を含むブログを見る もしくはこちら --- title: "私のための情報幾何 InformationGeometry4Me" au…

統計多様体のフィッシャー情報行列を出しましょうというと とか、『期待値』を計算する どうしてかっていうと、『各点』は確率密度分布で、それぞれの『点』である確率密度分布と、その近傍の『点』である確率密度分布とをつないだときの変化具合は、「分布…

参考pdf 統計多様体は、確率密度分布（確率質量分布）の集合である。集合の要素は確率密度分布に相当する。確率密度分布がパラメタで表されているとき、点はパラメタが決めた座標に応じて並んでいる。その並んだものが統計多様体 たとえば、指数分布というも…

外国為替というのがある 複数の外国通貨間で交換する比率を決めてやりとりする制度 通貨を交換してぐるりと回るだけでお金の量が増えてしまうようなら、みんなそれをやってしまう、そんな生き馬の目を抜くような世界だから、そんなことはない うまく辻褄があ…

こちらの続き 遺伝子検査を実臨床に用いること・リスク情報提供することを主眼において、そのような検査の妥当性がどのようにして得られるのか、その妥当性に照らしてどのように検査結果を解釈するのか、ということを理解するための統計学的背景の理解を目指…

講義用スライドのドラフト こちらはEJHG (2014)の"Rrcommendations for reporting results of diagnostic genetic testing (biochemical, cytogenetic and molecular genetic) こちらはNIHによる"Regulation of Genetic Tests(2016)" Direct-to-Consumer gen…

library(fAsianOptions) cgamma(1i) my.cbeta <- function(a,b){ ret <- cgamma(a)*cgamma(b)/cgamma(a+b) return(ret) } my.dcbeta <- function(x,a,b){ x^(a-1) * (1-x)^(b-1) / my.cbeta(a,b) } x <- seq(from=-1,to=2,length=100) a <- -0.5 b <- -0.5 y …

今年の文化勲章受章者の発表がありました。マスコミでは、ノーベル賞の大隅先生が一番大きな扱いで、遺伝学の太田先生のそれは非常に地味な扱いでしたが、さすがに国立遺伝研にはきちんとプレスリリースがありました(こちら) 受章功績の一番のものは「ほぼ中…

色覚異常には先天性のものと後天性のものがあるが、先天性のものにも複数の種類が知られている。日本人に多いのは先天性赤緑色覚異常で、２種類に分かれます(こちら)。英語での名称はDichromacy (２種類がprotanopia and deuteranopia) 色覚異常がどういうこ…

ケース・コントロールスタディ (患者、非患者) ｘ （要因あり、なし） --- title: "遺伝情報活用のための遺伝統計学" author: "ryamada" date: "2016年10月2日" output: html_document --- # 概論 遺伝的バリアントのリスクに関するデータを読み、それがもた…