バイオインフォマティクス、Ｒの初心者が、いじりながら覚える 生物学・分子生物学もおさらいする 計算機もおさらいする そのための資料 Bioconductor R Packages for Genomics Data Bioconductor-cloud-ami 日本語動画 R cloud Bioconductor try it 論文例

パッケージに関する記事サイト そこからの引用 The package generally provides methods for gene set enrichment analysis of high-throughput RNA-Seq data by integrating differential expression and splicing. It uses negative binomial distribution…

cytoSPADEのサイト nature_biotechnology論文 bioconductorサイト cytoSPADEのステップ 1. Density-dependent down-sampling to equalize the density in the point cloud of cells(FACSデータの点の数は多すぎる) 2. クラスターに分ける。Agglomerative clu…

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リンク リソース Built-ins GO KEGG vendor other annotations Access to NCBI Biomart UCSC others

リンク 対応する配列データタイプ Fasta Fastq BAM gff bed wig others 処理 Trimming Transformation Alignment Domain-specific analyses quality assessment ChIP-seq Differential expression RNA-seq others

リンク さまざまな実験系 フローサイトメトリー Quantitative real-time PCR Mass spectrometry Proteomics Other cell-based data

リンク マイクロアレイ発現解析のプラットフォーム Affymetrics Illumina Nimblegen Agilent Others フロー データの読み込み Pre-processing 補正 解析 表示 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite() source("http://bioconductor.org/bio…

Bioconductorの紹介記事(こちら Bioconductorのホームページ(こちら) Bioconductorの概説 Fred Hutchinson Cancer Research Centerをベースに開発されたRを用いたオープンソース もともとはマイクロアレイ発現データ解析からスタート(したはず) 解析・視覚化…