ある点から等距離にある点の集合は(超)球をなす 相互に等距離にあるk個の点はk-1次元空間に配置することができて、それは(正)単体をなす(正三角形・正四面体・・・一般化) 今、k次元空間にある、単位超球(半径１の球)面の点を位置座標とするk次元ベクトルを…

ある少なくない標本数で、多数のマーカーを調べ、マーカーについて検定を繰り返すことが、GWASでは行われる 言い換えると、巨大な(標本数ｘマーカー数)の疎な観測テーブルについて、多数の低自由度検定を実施していることになる この論文で示したように、こ…

２次元情報を複素数で表わす ＡＴＧＣはＡ−Ｔ、Ｇ−Ｃがペアを成す これを複素平面で表わす 複素平面は「２次元ベクトル」の演算のための工夫 多次元だとどうなる・・・ 複素数とその一般化はとりあえず気になる こちらがＡＴＧＣ配列と相補鎖の複素平面的取…

アレル頻度を空間中に関数で表現するための第１歩として、三角関数を用いてみる。 そのごく初期段階のお試し。 df<-1 # 空間の次元 Nd<-4 # サンプルセット数 Nm<-1 # マーカー数 #Means<-matrix(rep(0,Nd*df),Nd,df) # サンプルセットのサンプリングの中心 …

こちらを受けて。 分岐図形式 Wikipediaの図はこちら 絵を省略して分岐図にしたのはこちら いわゆる対応表はこちら(Wikipedia) ３次元で考えれば、４ｘ４ｘ４の立方体にできて、そこを２０＋１色に塗り分けることもできそうです 対応表にして、関係を「カタ…

受講者に合わせて、下記の用意内容(全部は無理)の濃淡・取捨選択をする・・・(か？） 生命情報工学研究センター 生命情報科学人材養成コンソーシアム 遺伝医学 開講日：2010年10月 29日（金） 開催時間：10：30〜17：00 スライド(予定) 京大集中講義での所要…

以下の本を頭から要点抜粋しているはてなのブログ（こちら）があります 筆者も参考にしています Ｒのコードの確認と、対応する用語・式などが簡潔に書かれています わかりにくい記述に苦労されている由のコメントもあり、決して「ぱらぱらめく」っていらっし…

生命情報工学研究センター 生命情報科学人材養成コンソーシアム 遺伝医学 開講日：2010年10月 29日（金） 開催時間：10：30〜17：00 京大集中講義での所要時間の具合より、下記内容を仮に予定することとする(2010/09/18) ＨＷＥ から入って 多型 ランダムメ…

予定と変更あり。Ｒの使い方希望が多かった。その部分は準備不足になった。来年度はＲの部分は独立させて実習化したうえで、講義受講の必要項目にする(のがよい…) 2010/09/13〜2010/09/16 ８限(スライド・ハンドアウトはこちら) 初日 イントロダクション Rの…

昨日の続き 順序を入れ替えるのに、辺の置き換え操作をして、グラフ(直線状)をSからEまでスキャンすることでランクがわかる

こちらが元記事 #市場にN種類の本があるとする N<-1000 #単位時間当たりの販売数の割合 #売れる本もあれば、売れない本もある S<-sort(rexp(N,1)^2,decreasing=TRUE) #販売冊数(ある期間での総冊数) #たくさん売れるので、売れる順番だけを気にして、売れる…

Genet Epidemiol. 2010 Sep;34(6):543-51.Estimation of P-value of MAX test with double triangle diagram for 2 x 3 SNP case-control tables. Hirosawa K, Kawaguchi T, Matsuda F, Yamada R. アプリケーション公開サイト（整備する必要があるのだが…、…

昨日は集中講義の１日目。以下を実施した 統計遺伝学概論 Rの使い方イントロ 今年度の出席者は、「Rを使えるようになってみたい」という参加者が多い。「統計遺伝学・遺伝統計学は何か」とかへの興味は(逆に)薄い。希望言語は日本語＞英語となっていた(昨年…

2010/09/13〜2010/09/16 ８限 今年は教科書を作って(しかも間に合った)ので、「不明な点はそちらを参照」と少しだけ楽ができるかもしれない(けれども、京大生協の一番大きい書籍部には在庫があるらしいが、医学部キャンパスの小さい書籍売り場(南部生協)には…

日本統計関連学会。衛星画像の処理のセッションあり。衛星画像と地図とを一致させる補正方法として幾何補正というのがあるとのこと。 似ているけれど異なっているゲノム配列の対応付けも「1次元幾何補正」とみなせるか・・・ 民族横断型複数GWASスタディのピ…

このブログを書き始めて５年強。いろんなことを調べて来ました。そんな調べ物をまとめて本にする機会があったので、まとめてみました。書き始めの頃は８００ページを超えていたのですが、削りに削って３００ページ台にまで減らしました。こうしてようやく値…