RNAseq
single-cell RNA-seq解析の手法論文を読むとき、何がハードルを上げているか、というと、「個別には理解できなくはないような、色々」を使って「総合芸術化」していることでしょうか いろいろな、データ処理のアイテムについて「この単語はだいたいこういう…
Survey and Summary, Single-cell RNA-seq: advances and future challenges 資料１ Nature Reviews Genetics, Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics 資料２
Nature Reviews Genetics, Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics 資料２ 定量標準を入れる UMI(Unique Molecular Identifilers):個々の分子をバーコード化し、増幅バイアス影響を排除した、「オリジナルの」分子数推定を…
Survey and Summary, Single-cell RNA-seq: advances and future challenges 資料１ 紙幅の多くは１細胞のRNAをきちんと回収し、きちんと読むこと、由来細胞をきちんと区別すること(バーコード・ラベル)など、リード産生プロセスに関すること Cell-to-cell v…
パッケージに関する記事サイト そこからの引用 The package generally provides methods for gene set enrichment analysis of high-throughput RNA-Seq data by integrating differential expression and splicing. It uses negative binomial distribution…
スプライシング・バリエーションの評価に関して複数の方法をさまざまな尺度で比較しているペイパーこちら その尺度の詳細は、リンク先論文のサプルのさらにサプル・ノートの最後の最後の45ページ目に色々あります。 Alignment yield "We measured the propor…
いくつかの基準カテゴリがあって、それらに遠近関係があるという。多次元だと視覚化しにくいので、２次元のしかも円周上に配置する。その上で、たくさんあるその他もろもろの点を、その基準カテゴリに帰属する「割合」を基に、その２次元円内にプロットする…
Downsamplingはそれなりに数のある標本から、標本数を減らしてリサンプリングする作業のこと RNAseqのデータにおいて、複数の細胞からの１細胞RNAseqのデータを相互比較したりするときに、ダウンサンプリングした方がよい、という話が、こちらの論文にあった…
論文を紹介していただく機会があった。こちらの論文。 RNA配列上に遺伝子多型があって、そのアレル別の発現量比推定をしたい、というときに、RNA-seqのデータをレファレンスゲノムにマッピングする過程をはさむと、ゲノムレファレンスアレルを持つ配列がうま…
こちらでポアッソン回帰の話を聞いた メモ 日本語PPT English pdf R package "mseq"
