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SNPは３ジェノタイプ、CNPはNg=３以上のジェノタイプがある SNPの検定手法ごとに対応する手法を右に示す ジェノタイプを順序なしカテゴリとする (1)２ｘ３分割表のカイ自乗検定・・・対応検定２ｘNg分割表カイ自乗検定 (2)その正確確率検定・・・その正確確…

公開アプリケーションはこちら SNPは３ジェノタイプ この３ジェノタイプは、それぞれがどんなリスクを持っているか、知れたものではない、という意味では、相互に順序できない３カテゴリともみなせる この３ジェノタイプは、２アリルのうちの片方に着目する…

傾向性の検定とは、カテゴリに順序をつけて、それに重み付けをし、その付与した重み付けの具合と一致しているかどうかと、すべてのカテゴリが平等であるかどうかと比較して、検定するものである フェノタイプ数が２の場合 SNPケース・コントロール関連解析に…

ひとつの分割表から関連についての情報はさまざまなとりかたがある 『どんな関連』について調べたいかによる『いろいろ』 あるひとつの『どんな関連』についても複数の検定結果が得られる、という意味でも『いろいろ』 フェノタイプ数Np、ジェノタイプ数Ngの…

すべてをばらばらに見る独立性検定 ジェノタイプに順序を想定することなく、フェノタイプにも順序を想定しない場合に行う検定 SNPの場合のヘテロのジェノタイプの疾患リスクがホモのジェノタイプのいずれよりもリスクが高い場合も、ヘテロのリスクがホモのリ…

ツールへのリンク 入出力フィールドは７個 実行ボタンは５個 入力フィールド６個 カテゴリカルデータの分割表に関する入力(３フィールド) No.genotypes:入力データの多型のジェノタイプ数 No.phenotypes:入力データのフェノタイプがカテゴリ型の場合、その数…

遺伝 遺伝するとは、複数の『個体』の間に存在する『血のつながり』が『個体』の『フェノタイプ』に『影響する』こと 簡単に言うと、遺伝子が伝達することと、形質が伝達すること 血のつながり ２つの関係 １つは、『個体』が作る、家系という関係 もう１つ…

遺伝子多型 DNA配列は、同一種内で異なる部分がある。それを多型という。集団中での割合を定義に持ち込むこともある 一塩基多型(SNP:Single Nucleotide Polymorphism) DNA配列のある塩基が異なるような多型。たいていの場合、A,T,G,Cの４種類のうち、２種類…

多型ジェノタイプ・形質間関連を解析する手法を了解するための覚書 学部生レベルからスタート・・・？？ 最後は、この記事の内容を了解して、この計算機(ベータ版・動作未確認・出力値の正しさも未検証)の出力を理解するところまでを目指す

Hardy-Weinberg平衡(HWE:Hardy Weinberg Equilibrium) ある集団において、メイティングがランダムであるとき、ディプロタイプが持つ、アリルの組合せは、集団のアリル頻度によってのみ決まると考えられる。ジェノタイプの頻度分布とアリルの頻度分布との関係…

アリル、アリル数(SNPのアリル数 NSa、CNPのアリル数NCa) SNPのアリル SNPのアリルはA,T,G,Cの４塩基のうちのどれかひとつをとる、とり方であるので、最大アリル数は４。 アリル数２であることが普通。実験データとしては、アリル数２のSNPのディプロタイプ …