Sum-of-Chi-square統計量と言うのがあって、それを遺伝子ごとの関連シグナル検出に使う、という話がある(こちら journals.plos.org ) ちょっと主旨は変わるが、１ＳＮＰの２ｘ３テーブルに対して、優性・劣性・相加の３検定を実施してそのカイ二乗統計量の和…

２ｘ３表の周辺度数が取らせうるテーブルを２次元空間に配置する方法 総サンプル数Nに対する割合として、標準化する 群１（ケース）がp,群２（コントロール）がq=1-p ３ディプロタイプの頻度が、 とする 期待テーブルを原点とする 観測テーブル{{n11,n12,n13…

Optimal dose-effect mode trend test for SNP genotype tables. An Genetic Epidemiology Published Online: 7 Aug 2008 概要 SNPでケースコントロール関連検定をしようとしているとき、additive modeに対してトレンド検定を、優性モードに対して優性検定を…

１つの２値従属変数について、２つの２値独立変数との独立性を検定する場合を考える。 ２つの独立変数について、個々のサンプルは{0,0},{0,1},{1,0},{1,1}の４通りの値セットを持つ。 今、この４値セットの間の関係を考える。Pearsonの相関係数も算出できる…

SNP,CNPによらず、ジェノタイプ一般のこと 質的形質・量的形質によらず、形質一般のこと すべての場合に通じること ジェノタイプとフェノタイプとの間の関連・相関を調べる ジェノタイプは、カテゴリカルデータである ジェノタイプカテゴリに順序を考慮しな…

SNPジェノタイプデータの、Armitage's trend testについての記事を3月に書いた(こちら)。 式は ただし、２ｘ３の分割表が のような場合 少し修正。 3月の記事の計算式は、Trend-Chiテストと別称する方がわかりやすい。 Cochran-Armitage trendテストでは、上…

補足記事がこちら ※この記事の式とソースは、トレンドカイ自乗テストのそれである。Cochran-Armitage trendテストは補足記事。 SNPジェノタイプデータについて、Armitage's trend testを付け加える用ができた。エクセルはこちら 検算はこちらのサイトの例で…

Population geneticsに関する諸ツールのデパートがArlequin(サイトはこちら、記事はこちら)とするなら、plink...(サイトはこちら、記事はここ)は(ホールゲノム)アソシエーション解析の諸ツールのデパート。 概要 実行内容は多彩であり、一筋で説明しにくいと…