今日の前の記事でサイクルのない家系図をpivotで核家族に分解してみた ループ(近親婚)があるとどうなるかを見よう p<-matrix( c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 4, 4, 6, 6, 0, 0, 12, 13, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 3, 7, 7…

paramlinkというパッケージがある Diallelicなマーカーでのパラメトリック連鎖解析のパッケージ 連鎖解析では家系から「核家族」を抜き出して、その核家族のジェノタイプの満足するべき条件によって、伝達のパターン数を減らす処理をする そのための関数が、…

こちらがメモ

こちらやこちらで有性生殖の(行列)演算のことを書いている 個々の親子トリオは線形代数(ベクトル・行列)を使った演算だった 家系図全体の演算はどうなるだろう 家系図はグラフで言う「木」 時間の約束は守っているので、すべてのトリオの生成には順序がある…

IdentifilerというDNA鑑定キットがある １５個のSTRマーカーを使う それの日本人のアレル頻度に関しては、J Forensic Sci. 50(3): 718-719の報告がある。ちなみにSTR頻度に関してこちらのサイトもある 日本人2700ハプロイド(1350人)の情報である これから、…

昨日の記事の続き phase knownな記載にしよう 昨日の記事はphase unknownで、上三角行列(と対角成分)にしたところを、正方行列全体を使う アレル数の多型では、個人のディプロタイプを母由来を行、父由来を列とすれば、の正方行列で表される Na<-5 MakeRando…

任意のアレル数のマーカーについて、父方のアレル頻度ベクトルと母方のアレル頻度ベクトルとから生まれる子のディプロタイプの頻度を上三角行列で出す。 ある集団があって、HWEを想定するなら、２ベクトルに同じものを与えると、その集団のディプロタイプ頻…

911WTCでも使われたソフトウェア→こちら kinshipパッケージのPDF解説文書→こちら forensicパッケージのPDF解説文書→こちら paramlinkパッケージのPDF解説文書→こちら MakeFamilyGraph<-function(d){ } # kinship パッケージで家系図を描く library(kinship) …

こちら 子供の性別 男女 0.5,0.5 # 子供の性別 Nc<-1:10 Niter<-1000 MF<-c("男","女") D<-NULL for(i in 1:length(Nc)){ D[[i]]<-matrix(sample(MF,Nc[i]*Niter,replace=TRUE),nrow=Niter) } print(D[[3]][1:10,]) > print(D[[3]][1:10,]) [,1] [,2] [,3] […

こちらで、多価関数という話題を教えてもらっている そのコメント欄に書いた通りではあるけれど、自分用のメモとして、おそらく見直したくなると思うので、以下、転載する。 見通しが良くなってきました。そもそも「多価関数」「continuity」のことをきちん…

新年度なので、教科書売り場を眺めよう 教科書の目次をめくると、鳥瞰図が手に入る バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,M.キンメル,後藤修出版社/メーカー: シュプリンガー・ジャパン発売日: 2010/10/10メディア: オンデマンド (ペーパーバック)購…

家系図を描くのは、結構面倒くさい Rではkinship2というパッケージのpedigree()関数を使う test1 <- data.frame(id =c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14), mom =c(0, 0, 0, 0, 2, 2, 4, 4, 6, 2, 0, 0, 12, 13), dad =c(0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, …

ひとつの仮説に複数のスタディ とりまとめる必要 メタアナリシス ひとつの仮説に複数の評価時点 とりまとめる必要？ 打ち切る必要？ 共用サンプル？ ほとんど全数サンプリング？

マルチプルテスティング ある程度ポジティブ 基準とする分布 分布に照らす 照らす分布を作る 分布は仮定に基づいている

多くのフェノタイプ フェノタイプの組み合わせ フェノタイプの不均一 フェノタイプの階層構造 フェノタイプのネットワーク構造 オーバーラップするフェノタイプ

多くのジェノタイプマーカー すべてはマーカー 識別可能なマーカー 多くのジェノタイプマーカーは不均一 独立でないことを「不均一」と呼ぶ？ 連鎖と連鎖不平衡

多くのサンプル 多型を用いた解析のサンプル数の現況はどれくらいか 母集団の大きさはどれくらいか サンプリングはどう行うか ランダム・サンプリングか、そうでないか 多くのサンプルは不均一 適当なサンプルセットとは 「不均一」なサンプルセット 「不適…

こちらに構成プラン こちらに実施ログ(未稿) 統計遺伝学・遺伝統計学は、生物学であるけれど、医学領域でも実施している 医学領域での統計遺伝学・遺伝統計学と、生物学領域でのそれらとは、何か違うだろうか、という視点で以下の項目を考えてみる きっかけ…

分布 広がり具合 地表面上の分布 多次元の分布 もう見えない 複雑な分布・高次の分布を、取り扱いやすい分布を部品として取り扱い安くする １次元の分布 正規分布と指数分布 色々な分布 この図の元サイトはこちらから 分布を扱う色々な道具立て 確率密度関数…

遺伝学とグラフ 系統樹というグラフ 家系図というグラフ グラフとは 頂点と辺でできる 対象と対象ペアの関係 染色体のグラフ Ancestral Recombination Graph アレルのグラフと染色体のグラフと交叉・組み換え ディプロイドのグラフ 分岐木とループと近親交配

一方的に「悪」ではない 例 マラリア抵抗性遺伝子とサラセミアやその他の赤血球遺伝性疾患 「節約遺伝子」と糖尿病 多型のアレル 感受性アレルと防御性(抵抗性)アレル

単一の尺度で疾患を定義 高脂血症 ２つの尺度で疾患を定義 肥満症・肥満度 身長と体重 たくさんの尺度で疾患を定義 「診断基準」 RAの場合 ●腫脹関節に関するもの ■ NL 腫脹大関節数 ■ NS 腫脹小関節数 ●血清自己抗体に関するもの ■ RF リウマトイド因子(陰…