emdist

2013-06-28

Earth Mover's distanceのR計算その２

library(emdist) my.emd <- function(A,B,r=100){ tandem.AB <- c(A,B) # そのtop 100をカットオフとする s.t.AB <- sort(tandem.AB,decreasing = TRUE) #cutoff <- s.t.AB[floor(length(tandem.AB)*r)] cutoff <- s.t.AB[r] # カットオフ以上の値の番地をと…

2013-06-27

Earth Mover's distanceのR計算

Earth Mover's distance Wasserstein metric R emdist

2次元の分布としてのメタボロームデータのことをやっている EMdist,Wass...についてはこちらをそのほかとしてはTransportation problemであって、その解法はハンガリアンメソッドだというハンガリアンメソッドは(重み付き)割り当てマッチング(こちら)でも…

2012-07-21

2 Dynamical systems and time series ぱらぱらめくる『DIstance-based analysis of dynamical systems and time series by optimal transport』

Optimal transport 時系列 Wasserstein distance ぱらぱらめくるシリーズ R emdist

Abstract Wasserstein distance を使う、Wasserstein distance はOptimal transportation problemの量的コストである、それを使うと、非線形現象をロバストに解析することができる 2.1 Introduction 時系列解析線形時系列解析非線形時系列解析断続アリ、…

2012-07-06

Earth Mover's distance

分布 Wasserstein metric Earth Mover's distance emdist ハンガリアンアルゴリズム clue 時系列解析カオス Henon map R

Wasserstein metricは分布の差異を表す指標(Wikiの記事) 1st Mallows and Wasserstein distancesとしてEarth Mover's distance(EMD)がある(Wikiの記事) EMDの計算はRでは、emdistパッケージ EMDはTransportation problem(Wiki記事)を解くことで求められると…