hweExact<-function(g){ n<-sum(g) nA<-2*g[1]+g[2] na<-2*g[3]+g[2] evod<-g[2]%%2 obs<-(g[2]-evod)/2+1 maxAa<-min(nA,na)-evod Aa<-seq(from=evod,to=maxAa,by=2) AA<-(nA-Aa)/2 aa<-(na-Aa)/2 pr<-rep(0,length(Aa)) pr<-exp(n*lgamma(2+1)+lgamma(nA+1…

昨日は高次元分割表の場合列挙をやってみた。列挙ができたら(所要時間の問題はさて置き)、その正確生起確率が計算できて、それを使って、「Fisherの正確検定」もできることになる。 たとえば・・・ (000,001,010,011,100,101,110,111)のパターンが(100,0,0,1…

こちらの記事の続き は、自由度kの分割表の正確生起確率 はその表のとるカイ自乗値 は、カイ自乗値がxのときの、自由度kのカイ自乗確率密度分布の値 は、半径rのk次元球の表面積 は表のセルの値と周辺度数 は、表のセルの値、周辺度数を総観測数で除した値 i…

清書はこちら のテーブルがある は公式 今、このテーブルの独立性の検定のカイ自乗値がであるとしたとき、自由度で、あり、自由度のカイ自乗統計量の確率密度の値はと表される ここで、との比を考える 自由度のみに依存する項が出てきたら、どんどん、にまと…

今、２ｘ２分割表があり、サンプル総数を、縦軸の比率が、横軸のそれがとする。また、２ｘ２のセルの観測値をとする。 である。自由度１のカイ自乗分布において、そのとなる確率密度は、で与えられる。 一方、このテーブルの正確生起確率はで与えられる。 こ…

アレルタイプ数をとする。Diploidではジェノタイプは。アレルをとし、その頻度を、観測本数をすると、ジェノタイプの観測人数がと表せる。 今、HWEにおける期待人数は,(ただしを観測人数、)と表される。 カイ自乗検定をするとすれば、、として表せる。 これ…